三國正史上，司馬懿對諸葛亮最著名的評價有兩個：第一句，司馬懿說諸葛亮：「真乃天下奇才也!」
第二句，司馬懿說諸葛亮：「志大而不見機，多謀而少決，好兵而無權」。意思是說優柔寡斷，不懂得變通!
實際上第二句話才是司馬懿對諸葛亮的全面評價。不管《三國演義》再如何吹噓諸葛亮的才華，始終笑到最後得是司馬懿!
諸葛亮無疑是傑出的戰略家，注意是戰略家(就是子房一級的人物，三國裡還有郭嘉、賈詡等人)，但並非傑出的戰術家，領軍打仗是差點(不要和我爭平南蠻、北伐的功績)。在日常工作中他是一個以後勤、政務為主的傑出政治家(這一點很重要，這需要高明的政治手腕)。
1、作戰指揮能力不強，導致其戰略可行性打折。「三分天下」無疑是偉大的戰略構想，這個必須肯定。但自己的戰略構想並不能由他自己來完成，關鍵指揮能力不強。而且前半段執行的相當不錯(我可沒說執行人是諸葛亮)，「天下有變，則命一上將將荊州之軍以向宛、洛，將軍身率益州之眾出於秦川，」荊州在這一戰略構想中非常重要，重要到諸葛亮的北伐能否實現。
如果蜀國有荊州這麼一個基地，恐怕北伐就是另外一個局面了。但可惜，自身能力的局限不能讓他自己親自來執行這宏偉的「隆中策」，劉備、關羽不能很好的理解(畢竟仗是要他們打的，戰爭決策權在他們手裡)，加上魯肅的孫劉聯盟戰略決策不能完全被孫權、呂蒙領悟接收和堅決執行一樣。荊州就這樣丟了，天下一統的戰略構思也就成為紙上談兵了。
2、不能知人善用，缺乏培養人才和舉薦人才能力。孔明知人善用的能力遠遠不及其主劉備，繼位人姜維不錯，但是個降將。魏延，鎮遠將軍，漢中太守，先主提拔的;李嚴托孤重臣，(先主知人善用，他所用的人基本錯不了)都是其打擊對象。(魏延是最冤枉的，要反我早反了，先主駕崩我就反了，還受你這窩囊氣;要是真反，早去長安城了，還在這耗著。)
諸葛亮的評價不能用簡單的成王敗寇來衡量，他所建立的是精神層面的功績，是一個道德標準的化身，是一個「忠」字的完滿體現。所以說，推崇也好，恢復歷史原貌也罷，說到諸葛亮，人們(至少是廣大人民群眾)還是首先想到「鞠躬盡瘁，死而後已」，然後才是那些「近神」、「近妖」的「豐功偉績」。