孫賁的父母早亡，弟弟孫輔還是個嬰兒，孫賁自己獨力撫養弟弟，兄弟倆的感情很深。孫賁起初擔任過郡中的督郵、縣長之職。中平三年(186年)，孫賁的叔父孫堅在長沙舉義兵起事，孫賁辭去官職跟隨孫堅征戰。
初平二年(191年，《三國誌·孫破虜討逆傳》誤作初平三年)，袁術派孫堅出征荊州攻打劉表。劉表派黃祖迎擊孫堅，孫堅擊敗黃祖，追擊黃祖渡過漢水並包圍襄陽。孫堅單身匹馬登上峴山，被黃祖的軍士用箭射殺。孫賁率領將士投奔袁術，袁術上表推薦孫賁為豫州刺史。 [8] 孫賁代領孫堅的軍隊，扶送孫堅的靈柩到曲阿。
四處征戰
後來袁術遷徙到壽春，孫賁又去依附他。袁術的同父庶兄袁紹任用會稽人周昂為九江太守，袁紹與袁術不和睦，袁術派遣孫賁在陰陵打敗周昂。袁術上表任命孫賁兼任豫州刺史，又轉任丹楊都尉，代理征虜將軍，討伐平定山越。後孫賁被揚州刺史劉繇所逼迫驅逐，就帶領將士兵卒回到歷陽駐守。
建安二年(197年)，袁術再派孫賁與吳景共同攻擊樊能、張英等人，未能取勝。等到孫堅之子、孫賁堂弟孫策東渡，援助孫賁和吳景打敗張英、樊能等人，於是進擊劉繇。劉繇逃往豫章。孫策派孫賁和吳景回到壽春報告袁術，正值袁術稱帝，設置百官，於是任命孫賁為九江太守。孫賁不就任，拋棄妻兒返回江東。
當時孫策已平定吳郡、會稽兩地，孫賁與孫策征討廬江太守劉勳、江夏太守黃祖，軍隊凱旋，聽說劉繇已經病死，於是路過平定豫章，孫策上表任命孫賁兼任豫章太守，後被封為都亭侯。
去世
建安十三年(208年)，曹操破荊州，威震南土，孫賁心懷畏懼，又因為自己女兒為曹操之子曹彰之妻，便想要把自己的兒子送給曹操當人質以求自保，被朱治說服才作罷。同年，朝廷使者劉隱奉詔任命孫賁為征虜將軍，繼續兼任豫章太守。孫賁在任十一年去世，死後其子孫鄰繼承爵位。