諸葛亮安心輔佐劉禪，回成都後主掌蜀漢大權。自他上台後排擠李嚴，安插親信，獨掌朝綱。他開府理事，大小事物「鹹決於亮」，儼然就是一個「假皇上」。最露骨《出師表》應是最好的證明。
諸葛亮掌握一切事務的決斷權，在給後主的上書中厚顏無恥，對後主指手畫腳。諸葛亮除了對劉禪提出了這樣一些不能不從的「建議」外，當然也不會忘記安排他北伐離開成都後朝中的人事問題。
「侍中、侍郎郭攸之、費禕、董允等，此皆良實，志慮忠純，是以先帝簡拔以遺陛下。愚以為宮中之事，事無大小，悉以咨之，然後施行，必能裨補闕漏，有所廣益。……親賢臣，遠小人，此先漢所以興隆也;親小人，遠賢臣，此後漢所以傾頹也。先帝在時，每與臣論此事，未嘗不歎息痛恨於桓、靈也。侍中、尚書、長史、參軍，此悉貞良死節之臣，原陛下親之信之，則漢室之隆，可計日而待也。」
諸葛亮已經任何事情都要過目了，劉禪只不過是聽聽他的匯報而已。諸葛亮南征回來之後，為了集權，一心想發動北伐。可是蜀國正處在羸弱狀態，不適於進行大規模的戰爭。諸葛亮為達到目的，鼻涕一把、淚一把的哭述先帝遺志，恢復大漢天下的雄心，逼迫地劉禪啞口無言。
蜀漢政權中，李嚴、廖立、魏延等人對諸葛亮專政攬權頗多微詞，李嚴亦猜忌諸葛亮有不臣之心。《三國誌·蜀書·李嚴傳》注引《諸葛亮集》云：「(李)嚴與(諸葛)亮書，勸亮宜受『九錫』，晉爵稱王。」
九錫這項殊禮太複雜，但以下幾項殊禮卻是人人都能看到的：「劍履上殿」，即可以帶著武器、不脫鞋子進入宮廷，享受與皇帝同等的待遇;「朝覲不趨」，在朝廷上以快走為禮節，但接受了這項殊禮的權臣卻可以不慌不忙地慢慢行走;「贊拜不名」，皇帝和朝儀官對大臣一般都是直呼其名，對權臣卻特別允許不稱呼名字，只稱呼官職和姓氏。這三條都與上朝有關，有了這三項殊禮，皇帝和權臣在朝堂上就幾乎沒有區別了。後來發展的更不像話，竟然出現給權臣設立專座的「殊禮」，還允許權臣跟皇帝平起平坐，儼然一副太上皇的模樣。由於這種殊禮實在太露骨，一般的權臣都還不敢使用。漢末，曹操欲加九錫，受漢禪，遭到心腹荀彧的堅決反對。覺得九錫實在不是人臣要的東西，曹操為此失了不少人心，實在是得不償失。
諸葛亮明知道李嚴什麼意思，不但不檢點，而且還大言不慚地說：「吾與足下相知久矣，可不復相解!足下方誨以光國，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本東方下士，誤用於先帝，位極人臣，祿賜百億，今討賊未效，知己未答，而方寵齊、晉，坐自貴大，非其義也。若滅魏斬睿，帝還故居，與諸子並升，雖十命可受，況於九邪!」
儼然他對目前的權利嗤之以鼻，他之所以不取代劉禪是怕成為眾矢之的，維持現在這種狀況，雖然沒有皇帝的名分，可內外事務統一歸自己決策，也跟皇帝沒什麼區別。作為一個托孤之臣，能對後主指手畫腳，過多地干預朝政，而別人又認為是「鞠躬盡瘁」，諸葛亮可說是古今第一人。
諸葛亮死後在給他立廟的問題上，劉禪曾做過一次反常舉動。根據史書記載：「亮初亡，所在各處為立廟，朝議以禮秩不聽，百姓遂因時節私祭之於道陌上，言事者或以為可聽立廟於成都者，後主不從。」言事者只得退而求其次，建議立廟於沔陽。禁止百姓「私祭」，後主才勉強同意。
後主為什麼不同意為諸葛亮立廟?諸葛亮生前，劉禪以「相父」稱之，關係可見非同一般，難道諸葛亮死後立個廟祭祀都不可以了?究其原因只能說是劉禪在報復諸葛亮，因為諸葛亮生前以「相父」身份對後主指手畫腳，壓制劉禪時間太長了。諸葛亮活著的時候，劉禪敢怒不敢言，他死後，劉禪才能直起腰板說話。可見在劉禪心中有多痛恨諸葛亮了。劉禪被諸葛亮壓抑到無法容忍的地步。