劉備得到了諸葛亮，說自己好像是魚兒得到了水一樣，從此對他是言聽計從，那關係也是一天比一天情深。相比之下，連關羽、張飛這些老兄弟好像都不如兩人親密。尤其是曹丕稱帝以後，蜀地人認為漢獻帝劉協已死，眾部下勸劉備當皇帝，劉備不許，可是諸葛亮說了一番話，劉備就同意了。還說諸葛亮能「輔佐我克服缺點，協助我佈施天子的恩德福澤，以便使漢室的光輝普照天下」。臨終，劉備更是把兒子托付給諸葛亮，讓他們像對待父親一樣對待諸葛亮。從此以後，他們倆就被視為君臣關係的榜樣，是和齊桓公與管仲一樣古代君臣關係的楷模。然而，他們兩個真的是鐵板一塊，從來就沒有分歧嗎?應該說，不僅是有，而且還非常重大。這就是對待吳國的問題。
孫權偷襲荊州，殺掉關羽。劉備當了皇帝以後，要報復關羽被殺的恥辱，於是在章武元年(公元221)秋天興兵，親率「諸軍伐吳」為關羽報仇。劉備被東吳孫權部將陸遜打敗，不得已退守永安，一年多後病重死去。出征前，蜀國「群臣多諫，一不從」，那意思是說，臣下很多人都勸諫劉備，不要進行這次戰爭，但劉備一概不聽，堅持伐吳。那麼，在這些提反對意見的群臣當中，有沒有諸葛亮呢?在《三國誌》當中，無論是《先主傳》還是《諸葛亮傳》，都沒有涉及這個問題，這麼重大的一次軍事行動，兩人難道就沒有進行過溝通?即便這是劉備沒有經過朝儀就做出的決定，那諸葛亮是贊成還是反對呢?這次東征，諸葛亮沒有隨軍前往。這倒不能說明什麼問題，皇帝「御駕親征」，留下最為倚重的大臣和太子守國，這也是常理。但既然有多人勸諫，諸葛亮還是應該有個態度的。
《三國誌·蜀書·法正傳》當中有一句話，說明諸葛亮是反對這次東征的。彰武二年(公元222)，劉備大敗而歸，撤退後住在白帝城。諸葛亮歎息說：「法孝直若在，則能制主上，令不東行;就復東行，必不傾危矣。」這句話說明，不管諸葛亮有沒有勸阻劉備東行，他在內心是反對這次東征的，因為在他說這話的時候，劉備還活著。
儘管諸葛亮反對劉備東征，但最有可能是諸葛亮並沒有勸阻劉備。其原因很可能是諸葛亮瞭解，劉備東征孫權，奪取荊州的決心是不可改變的，又有那麼多人勸諫無效，自己還是不說為好。尤其是，作為後方的諸葛亮，要負責前方的物資供應，既然他不能改變劉備，還是不勸，以便讓劉備沒有後顧之憂放心東行。
但不勸說不等於內心贊同，縱觀劉備與諸葛亮在對待東吳問題上，兩人始終是有區別的。諸葛亮一生都主張對東吳聯合，從來都不主張對東吳用兵，這已經成為諸葛亮觀念裡的東西，不可改變。曹操南征荊州時，劉備在長阪和他交戰，大敗，退到夏口。諸葛亮說：「事情已經很緊急了，請您下令讓我去向孫將軍求救。」劉備同意後，諸葛亮說服了孫權，促成了孫、劉聯合，打敗了曹操，也就是從這個時候開始，形成了諸葛亮堅定不移的聯吳政策。只不過，在劉備在世時，蜀漢軍國大事最終決定權在劉備手上，諸葛亮只能建議，不能決斷而已。劉備死後，諸葛亮成了蜀國實際上的當家人，馬上就派出使者，與吳國建立親善友好關係，並建立了兩國的同盟。從此後，終其諸葛亮一生，從來都沒有對吳國發生過一次戰事，哪怕是很小的軍事衝突。
而劉備則不同，他對東吳始終是一種現實的需要，有益於自己則聯合，不利則刀兵相見。即便是在聯合期間，劉備也始終保留著一份警惕。如漢獻帝劉協建安二十年(公元215)，劉備得到益州以後，孫權提出讓劉備歸還荊州，劉備說等我取得涼州以後，就把荊州還給你，於是，兩家大打出手。可是就在這年，曹操奪取了漢中，威脅到蜀國成都的安危，劉備馬上把荊州的江夏、長沙、桂陽割讓給孫權，又一次實現了孫劉的聯合。等到漢獻帝劉協建安二十四年(公元219)，劉備並沒有和孫權通報，自己率先當上了漢中王，這等於是劉備率先打破了這種聯盟。這也是導致東吳偷襲荊州，殺死關羽的原因所在。當皇帝後，劉備以報復關羽被殺為名東伐吳國，兩家舉國為敵，孫權提出和解，被劉備拒絕。失敗後的第二年，孫權提出來和解，劉備反而同意了。這和諸葛亮對待東吳的政策有明顯的區別。
劉備和諸葛亮為什麼有分歧而不為人所覺察呢?這就是一個新興集團處於上升階段正常有力量的表現。任何一個團體內部不可能沒有矛盾，但內部的分歧和矛盾是不應該表露於外的，尤其是作為封建社會的臣下，更不能表現君臣之間的不一致。諸葛亮是古代的優秀政治家，是封建社會臣子的典範，他非常懂得，自己既然不能阻止劉備東征，就只有全身心的支持。因此，他對於由於法正不在而不能阻止劉備東征的感歎，不會讓人感覺這是對劉備的指責，相反，他更像是對於自己不能像法正一樣勸諫的一種自責。當然了，人們感覺不到劉備和諸葛亮的分歧，也與《三國誌》等史家的曲意維護有很大的關係。