諸葛亮當然自己自己的妻子的舅舅蔡瑁一直厭惡劉琦，甚至想害死劉琦，雖然現在還沒有動手，可一旦荊州之主劉表去世，劉琦立刻會有血光之災，蔡瑁可不是什麼善人，當年輔佐劉表平定荊州，殺的人實在太多了。可是，翻遍歷史，也找不到諸葛亮和蔡瑁，這位妻子的舅舅有任何直接關聯。就連黃承彥和蔡瑁之間的交往也無跡可尋。最可能的就是諸葛亮和蔡瑁的政見不同，雖然說同是親戚，可是彼此很少往來，於是，當劉琦死纏爛打，一再表示諸葛亮說出去絕對不會有外人知道的時候，諸葛亮就說出了自己心中的想法。劉琦可憐，但是，諸葛亮幫助劉琦卻不僅僅是出於對劉琦的憐憫，雖然說和劉琦少年相識，但是為了劉琦而去得罪自己的長輩，得罪在荊州勢力最大的豪強，諸葛亮不會那麼感情用事。真正的原因，還是諸葛亮顧及劉備的利益，而做的一個長遠考慮。
當劉備在荊州的時候，境遇非常的尷尬。即便是在演義中，劉備也是步步危機。而在正史中，曹操北伐袁紹，劉備曾經勸說劉表進攻許都，曹操必定首尾難顧。可是劉表優柔寡斷，尤其是劉表忌憚劉備，害怕劉備的勢力進一步擴張而放棄了這次大好機會。當北伐結束，曹操已經一統北方，伐荊州只是早晚的事情，劉表才著急起來。劉表非常遺憾，劉備勸說：「現在天下分裂，每天都有戰事發生，機會還會有很多的。」可對於劉表來說，這已經是他的最後一次機會。不久之後，劉表就病死了，荊州也一度被曹操吞併。此時，劉表已經病重，荊州到底由誰來繼承直接關係到劉備的利益。
也有人會說，劉備也可以趁機奪取荊州啊。其實，劉表對劉備一直很地方，說是說兩人同是漢室宗親，可在那個歲月，即便是兄弟父子為了權力也刀兵相見。劉備來到荊州不久，劉表就把劉備安置到了新野。當初，張繡率領兵馬來投靠劉表，劉表讓張繡駐守南陽的宛城，成為抵擋曹操的第一道防線。後來，張繡歸降了曹操，劉表和曹操接壤，隨時可能面臨曹操的進攻，劉表擔心的要死。劉備既然來了，剛剛好，就給劉表把守北方的門戶吧。劉表分給劉備一個小小的新野縣，城郭矮小，人民稀少，劉備善待百姓，引得不少流民來歸，勉強湊到了那麼幾千人馬。
只要劉表在世，劉備根本沒有機會進入荊州高層，更沒有足夠的軍事實力奪取荊州最高權力。於是，劉備只有等待。而劉琦和劉琮兩位公子爭奪權力正是大好時機。此時，劉備選擇了支持劉琦，自然諸葛亮也選擇支持劉琦。確實，劉琮有荊州最有實力的蔡氏家族的支持，更有劉表外省同為水軍統帥的張允的支持，更有荊州第二大豪強勢力蒯家的支持，根本不稀罕劉備那幾千人馬。而劉琦除了大公子的身份一無所有，而這一點正可以成為劉備挾公子以令荊州的策略。如果不是曹操此時大兵進犯，劉備很有可能比較和平的奪取荊州。
於是，劉琦問計，諸葛亮一開始沒有作答，但當條件允許的時候，還是幫忙為劉琦支招，好為以後親近劉琦進而控制劉琦做好鋪墊。或許有人會覺得劉備也好，諸葛亮也好，不至於有這麼險惡的用心吧?在劉備趁著赤壁大戰後曹操、孫權互相死掐突襲取得荊州南部四郡時，劉備表奏劉琦為荊州刺史，成為名義上的荊州之主，這樣，劉備既可以得到荊州四郡的實權，又可以堵住孫權的嘴巴，於是其用心也可見一斑了。