於吉就這麼被殺掉,當然有信奉的人就說,於吉沒有死,而是脫下皮囊成仙了。裴松之還引用了幾家相關史料,大都是說於吉如何有神通,卻依舊被孫策斬殺。孫策為什麼要殺於吉，情況非常複雜，我們這裡不說是不是於吉挑戰了孫策個人的權威，而先說說於吉這人。於吉出場便被捧為神仙，地位崇高。我們要知道，佛教大約是漢明帝時期傳入中國的，佛教的出現，才有了道教的產生。道教就是為了對抗佛教而橫空出世的，佛教講輪迴，道教講修道成仙，這些和世俗政權有時是相牴觸的，在中國，皇權永遠高於宗教權，當宗教權挑戰皇權時，其結果可想而知。於是乎，明白於吉為什麼要被孫策所殺。
如果孫策不殺於吉，任憑他在自己的地盤發揮發揚，最後的結果就是成就了於吉的美名善行，突出了孫策的暴虐，那麼長此以往，直接會威脅到江東政權的穩固，甚至有可能一夜崩潰。這不是筆者在危言聳聽，諸位看看，在孫策掣寶劍令左右速斬於吉，眾官還在力諫，當時孫策是怎樣的表現，策怒曰:「爾等皆欲從於吉造反耶!」眾官乃不敢復言。這是什麼?這有逼宮的味道，看不見的硝煙，人們眼裡只有於吉，少了孫策。孫策的命令遭到了消極抵抗，強烈的挑戰。長此以往，孫策還怎麼帶兵打仗，與他的那些對手們一決高下。所以，孫策是明智的，看得深遠的，有獨到眼界的，不愧為「小霸王」的稱呼。
其實，於吉即使去到曹操、劉備那裡，其結果都是一樣的。為什麼?
因為，若在和平時期，也可能遇上大度的君主，封個國師，幫助料理朝庭事務也不是沒有可能，讀《西遊記》便知。但在攻城掠地，軍閥混戰，搶佔地盤，都想做老大稱王的混戰之時，無疑是行不通的，亂世需重典。需要的是絕對權威，被崇拜的只能獨尊，只能是王權，至高無上的威嚴哪兒會允許其它的來搶來奪，或者削弱，這也是於吉被殺提供了大前提。所以，不要認為曹操、劉備就只有悲天憫人的情懷，不殺人，看看孔融、呂布的下場。
當然，於吉也是清醒的，他自己也知道自己難逃一死，但為了宣揚自己的法術，弘法，也把生死置之度外了。
總的來說，於吉死得冤，也不冤。冤，這樣一個為百姓做事，普施符水，救人萬病之人，在戰亂中被殺，確實有幾分冤屈;說他不冤，也一點沒錯。因為於吉出現在一個不該出現的地點和時間節點上，我們想想，他要是出現在鄉村，在和平時期，會被殺嗎?答案是肯定的——不會，具體理由就不展開來說了。可他偏偏要出現在孫策的眼面前，出現在吳會，出現在孫策統兵打仗，建立根據地，擴充地盤的時間裡，錯矣。所以，做再正確的事，不管出發點多好，如果時間地點沒有把握好。結果可能背道而馳，適得其反。
於吉就是例子。
於吉雖然在《三國演義》裡出場急促，時間也短，但這股力量不可小覷。歸納起來，於吉的死，死於這三點：
一、 動搖了孫策的群眾基礎，那可是政權的根基。(群眾膜拜)
二、 削弱了戰鬥力和凝聚力。(文武將官公然反對孫策)
三、 搞亂了法紀，敗壞了秩序。(獄吏為了於吉私自寬刑，違法)