馬超為扶風茂陵人。初平三年，其父馬騰受封為征西將軍，屯郿縣。後騰襲長安，兵敗出走西涼。五虎大將中，關，張，趙，黃均出身貧寒，惟獨馬超是名門之後。馬超出身隴西大族，據稱是東漢著名將領馬援之後，其家族長期雄據涼州。他本人「資兼文武，雄烈過人，一世之傑」，屬英步，彭越一類人物。劉備兵臨成都，一時尚不能攻下。馬超率兵來到後，城中人懾於他的威名，頓時震驚萬分。劉璋在這種情況下才不得已開門出降。馬超為劉備定蜀立下了大功，為此劉備在稱漢中王之後封他為左將軍，位列關羽，張飛之後。馬超一入劉備集團，即獲得極高的禮遇，但隨後卻陷入一種尷尬的境地。
雖然在蜀漢的武官位列第三，但既沒有擔當方面重任，也沒有參與指揮重大戰役。在他去世前劉備發動過兩次具有重大意義的戰爭---奪取漢中和討伐孫吳，都看不到馬超的影子。不久，馬超英年早逝，年僅四十七歲。事實上，馬超在蜀漢政權中是最受的排擠的，他不僅感到寂寞，甚至有一種「危懼」之感。《三國誌.彭漾傳》記載了這樣一件事情恃才傲物，狂妄自大的彭漾被劉備貶官到外地，便滿腹牢騷來找馬超發洩。一開始，鬱鬱不得志的馬超也隨口附和了幾句。彭漾以為遇到知己，便不知天高地厚地「煽動」馬超「卿為其外，我為其內，天下不足定也」這句話可以有兩種解釋，一種是推崇自己和馬超，一文一武，一相一將，一主內一主外，就可以安定天下;另一種就屬大逆不道了打算一內一外，裡應外合，奪取政權。但不論哪一種解釋，都是狂妄的，完全可能給自己招來滅們之禍。
馬超聽了他的一番狂言，默默無語。待彭漾一走，便立即上表劉備，揭發他的「大逆不道」。彭漾立即被捕，不久被處死。
馬超這番行為，確實不夠光明正大。因為是他先符合彭漾，也發了幾句牢騷，才引出彭漾後面的大逆不道之言。在這種情況下，他為了自保，便幹起告密的勾當，把彭漾推入絕境，這樣的行為確實讓人不敢恭維。不過，由此事也可以想像馬超在劉備手下那種戰戰剋剋，如臨深淵，如履薄冰的神態。可想而知，馬超在蜀漢受到的猜忌和排擠是如何的明顯。否則，他既不會有寂寞之感，也不會有「危懼」之感的。
馬超出身名門，為一代著名將領，為劉備取成都立過大功，卻受到這樣的猜忌和排擠，不是太冤枉了嗎?同樣為降將的馬岱，黃權，王平，和姜維都受到了信任，授予重任。惟獨馬超卻不同，這就不能不令人想到馬超本人的因素了。最能說明馬超的行事與為人的，莫過於潼關大戰了。
建安十三年曹操任丞相後積極南征，但對關中和西涼的割據勢力終不放心，對馬騰父子尤其戒備，馬騰舉家遷至鄴城，只留超以領其軍。
漢獻帝劉協建安十六年(公元211年)，曹操打算出兵漢中，討伐割據該地的張魯，準備先派大將夏侯淵率軍出河東，再到關中與駐紮那兒的鍾瑤會合，有人向曹操提出，大軍西進很可能引起盤踞關中和河西地區的馬超和韓隧的疑懼，以為此舉是針對他們，從而導致他們互相煽動，其兵叛亂，請曹操慎重行事。曹操沒有聽從這個意見，在他看來，馬超，韓遂這類地方軍閥遲早要收拾的，如果他們起兵叛亂，正好給他一個師出有名的借口，乘機殲滅，即使如此，曹操還是認為馬超不見得會起兵，因為馬超有一個極其嚴重的顧慮，這就是他的父親和馬騰全家的的身家性命。馬騰的父親曾在河西地區當過地方官，後來丟了官，就留居當地，還娶了一位土著女子，生下了馬騰。馬騰身材偉岸，儀表堂堂，但性情溫和。東漢末年天下大亂，馬騰歸順了曹操，曾出兵幫助攻擊袁紹的女婿高幹，以後，馬騰與韓遂不和，便上表請求到京城為官，決心依靠曹操這棵大樹，安度晚年了。
馬騰全家居於鄴城，實際上已成為曹操的人質，只要馬超有任何「不軌」的行為，勢必危及老父和全家，這是明白無疑的。正是基於上述兩種考慮，曹操沒有聽從別人的勸告，毅然出兵河東。
馬超聽到曹操出兵河東的消息，立即聯絡韓遂，程銀，侯選等十部起兵叛亂。曹操親率大軍討伐，與馬超在潼關數度激戰，最後大獲全勝，完全控制了關中地區。
古代法律規定，造反者滿門抄斬，銖滅九族，這一點馬超不會不知道。然而，他為了自己的底盤和實力，只因為一種並不明確的威脅，便置父親和全家的性命與不顧，悍然起兵叛亂。結果，馬騰和的他的兩個兒子馬休。馬鐵以及全家兩百餘口全部成了曹操的刀下之鬼，而馬超自己也一敗塗地，人馬底盤全部丟掉，到處亡命。按照古代的倫理道德觀念，馬超的行為可謂不忠，不孝，不義，不智，既自私，又狹隘。自漢代統治者標榜「以孝治天下」以後，社會上最看重的道德就是「孝行」。因此，馬超的所作所為無論在什麼時候，都會遭到幾乎所以人的蔑視和唾棄。後來，馬超一度投奔張魯。張魯鑒於他的威名，很想委以重任，還打算招他為婿。
有人勸張魯馬超這種人，連自己的父親，兄弟都不愛不顧，對別的人還會有真心嗎?」張魯因此取消了原來的念頭，不在厚待馬超。馬超窮愁無路，最終投奔了劉備，有立下了大功，得以封侯晉爵。但是，當初他起兵叛亂導致家族覆滅的往事並沒有因此被人忘卻。他那樣的為人行事很難再得到人們的信任的，更何況有「梟雄」之稱劉備了。正是因為這個原因，進入劉備集團的馬超，在短暫的榮耀之後，接踵而來的便是猜忌和防範。
遠在荊州的關羽放心不下，專門寫信給在成都的諸葛亮，詢問馬超的將才誰人可比，為此諸葛亮回信寫到孟起兼資文武，雄烈過人，一世之傑，黥，彭之徒，當與翼德並驅爭先，猶未及髯公之絕倫超群也。
上面這段文字出自《三國誌。關羽傳》。《三國演義》採用了它，只是把關羽寫信改成了打算入川於馬超比武，從而增加了故事的深動性。許多人把此事作為關羽驕傲自大，不能容人的典型事列，還往往將它同關羽恥於同「老兵」黃忠為伍那件事相提並論。這樣的看法，未免有點小看關羽，更埋沒了他的良苦用心。實際上，關羽和諸葛亮是在一唱一合，意在煞煞馬超的氣勢，婉轉的警告他，諸葛亮將馬超比作楚漢相爭的英布和彭越，實在是意味深長。彭越和英布都是當時的「一世之傑」，為劉邦的開國元勳，但不久不久就因行為不軌而遭銖滅。這種似褒實貶的比喻，真實的用意是在警告馬超要想長享富貴尊容，就必須老老實實，安分守己。當局者如此對待馬超，其他文武乘機排擠便是順裡成章的了。在這種情況下，馬超雖有蓋世武功和英名，也只能是做困愁城，「危懼」而已。
陳壽在《三國誌.關張馬黃趙傳》的傳論中，給了馬超這樣的評語馬超阻戎負勇，一覆蓋其族，惜哉!說的還是連累父親兄弟和全家死於非命的那件事。陳壽在為馬超惋惜，還算是客氣的呢。這就是《三國演義》中那位人人欽佩的「錦馬超」的真實面目!
建安十六年，曹操西討漢中張魯。關西諸將疑操欲對其不利，遂以馬超、韓遂二將為首起兵抗曹。兩軍在潼關對峙月餘，最後曹操以離間計引起馬超、韓遂二人不和。關西軍大敗，馬超逃至涼州。
馬超兵敗後重整旗鼓，攻打隴西一帶。其後兵敗投靠張魯。而曹操亦於建安十七年誅殺其父馬騰，夷其三族。三國演義中，曹操是先殺馬騰，而後超起兵為父報仇。這是羅貫中希望突出馬超之起兵乃為父報仇。而另一方面亦可把曹操寫成為陷害忠良的奸臣。
建安十九年，張魯部將楊昂因忌馬超才能，而屢屢向魯進讒。馬超恐張魯對其加害，遂投劉備。適備圍成都，超遂自請為先鋒以攻城。城中軍民大驚。
劉備稱帝后，拜馬超為驃騎將軍，領涼州牧，進封斄鄉侯。蜀漢章武二年，馬超病逝，享年四十七歲。
劉備發動夷陵之戰時馬超已經身患重病，不久便卒!死前馬超曾寫信給劉備說自己一家被曹操殺的差不多了，已經沒有什麼人了，只有一個弟弟馬岱，希望陛下能好好待他!死時年僅47歲，如果馬超能活到趙雲的歲數，一定可以在後來的北伐中為諸葛亮建立奇攻，斬將殺敵。也許也就不會有「蜀中無大將，廖化做先鋒」這句話了。確實有點讓人遺憾!