東漢末年戰亂頻仍，但徐州琅邪郡因濱臨海疆，卻是比較安定之地。公元184年，以張角為領導的黃巾大起義爆發後，「徐州黃巾」也聚眾響應。漢廷乃調原幽州刺史陶謙為徐州刺史，率兵擊敗之，戰火沒有波及琅邪。後來董卓肇亂，州郡起兵，受破壞最嚴重的地區，為東京洛陽及西京長安一帶，生靈塗炭，廬舍為墟。可是徐州全境卻比較安定。再加上陶謙「性剛直，有大節」，「在官清白」，注意保境安民。因而在烽煙瀰漫、戰鬥激烈的黃河中下游地區，徐州算得上是一塊樂土了。「是時，徐州百姓殷盛，谷米豐贍，流民多歸之」。上文提到曹操之父曹嵩，即避亂於琅邪。
徐州真正受到的浩劫是來自曹操的屠戮。如前所述，曹操借口為父報仇，先後兩次由兗州興兵南下，無辜百姓大量被殺。未死者，只好扶老攜幼被迫流徙他鄉。當時江南地區比較安定，距離徐州又近，因而「徐方士民，皆避難揚土」。
其中如彭城人張昭，就是在這一動亂時期南渡長江投奔孫策的，後來終於成為東吳建國時的重要謀臣。
諸葛亮的家鄉琅，為曹操大兵南下的必經之地，因而所受戰爭破壞也極為嚴重。公元194年夏，曹操第二次南攻徐州，「略地至東海、琅邪」，焚燒殺掠，「所過殘破」，幾乎人煙斷絕。諸葛玄見到戰火日益蔓延，全家老弱俱受到戰亂的嚴重威脅，惶恐焦灼日夜籌思，決計離家遠走另覓棲身之所。恰好這時雄踞於淮南的揚州刺史袁術派人來請玄出任豫章太守(治所在今江西省南昌)。袁術出身於「四世三公」的名門巨族，鷹揚虎視野心勃勃。他敦請諸葛玄出任郡守要職，不僅說明他們之間的舊交深厚，也說明諸葛玄的才能為袁術所器重。
由於豫章郡遠在江南，戰亂較少，諸葛玄決定攜家南下。但是陽都故里的田園廬墓不能無人照管。於是，他留下已屆及冠之年的諸葛瑾及其繼母照料一切。獻帝興平元年(194年)，諸葛玄帶著亮、均兩個侄兒和已達及笄之年的兩個侄女兼程南下，這時諸葛亮已經十四歲了。連綿不絕的戰亂給千千萬萬的人民帶來背井離鄉、生離死別的種種苦難悲酸，也使本書傳主的生活環境發生劇烈的變化。
從此之後，他就再也沒有機會回到生於斯長於斯的美麗故園陽都，開始踏上流徙生活的征途。從陽都出發到豫章(今南昌)，關山修阻，約有千餘里之遙。在那個兵荒馬亂的年代，沿途難民絡繹於道，餓莩載野，大地瘡痍。諸葛亮所見所聞無一不是淒慘景象與悲號之聲。封建時代所流行的「寧為太平犬，勿為亂世民」的諺語在東漢末年是非常恰當的。因此，他傷時感世，懷念西漢時期「文景之治」的太平盛世，就是很自然的了。而造成兵連禍結千里蕭條的原因又在哪裡?追本溯源，自不能不歸咎於桓靈二帝的重用閹黨了。
諸葛玄到豫章上任後沒有多久，就發生了東漢朝廷選派朱皓來代替他的事件。豫章郡雖然屬於揚州刺史管轄，但袁術大約沒有奏准漢廷，就直接委派諸葛玄去擔任郡守要職，這是當時的制度所不允許的。袁術之所以如此專擅，一是因為漢室衰微，名存實亡，他根本不把漢獻帝劉協這樣的小皇帝放在眼裡;二是他自恃實力強大，是一個政治野心很大的軍閥，一直在蓄謀稱帝。早在獻帝初平二年(192年)，他就公然扣留漢廷前來壽春進行宣撫的太尉馬日?，並奪去其所持漢節，以致日?因「失節屈辱，憂恚而死」三是袁術委派諸葛玄出任豫章太守，固然有器重其才能之意，但更主要的則是為了植黨營私來擴大自己的勢力。諸葛玄卻是一位忠於漢室的人，他在漢廷委派的正式太守朱皓來到之後，就交卸了印篆，帶著侄兒侄女們又輾轉流徙前往荊州，去投奔他的舊交荊州牧劉表了。
然而，由於史籍記載歧異，對諸葛玄出任豫章太守之事也有不同的看法。據袁暐《獻帝春秋》云：「初，豫章太守周術病卒。劉表上諸葛玄為豫章太守，治南昌。漢朝聞周術死，遣朱皓代玄。皓從揚州太守劉繇求兵擊玄，玄退屯西城，皓入南昌。建安二年正月，西城民反，殺玄，送首詣繇。」
有的研究者根據這則材料，斷定：1.諸葛玄是被劉表推薦擔任豫章太守的，而不是袁術。2.漢廷正式委派朱皓為豫章太守後，諸葛玄不肯接受朝命，以致朱皓向劉繇借兵才將玄擊走。3.諸葛玄是在建安二年(公元197年)為反叛的百姓所殺，並非死在荊州。可是，如依此說，至少有兩個矛盾問題難以解決。其一，豫章郡歸揚州刺史管轄，不屬於荊州圍。劉表如何能夠越俎代庖?其二，退一步講，即使劉表上奏推薦諸葛玄出任豫章太守是實，但何以剛上任不久，漢廷忽然又出爾反爾任命朱皓前來代替他?這在情理上是難以說得通的。
另外，還有一個不容忽視的重要問題，就是諸葛玄此次南下的主要目的，是帶領侄兒侄女們找一個比較安全的地方躲避戰亂，如果他因貪戀太守職位抗拒朝廷命令而被殺的話，那麼年甫十餘歲的諸葛亮兄弟姊妹們又將何以安身?論者或謂諸葛玄是先到荊州安頓好亮、均等人後，才奉劉表之命前往豫章就職的。筆者認為這只能是想當然之詞，不一定符合實際。因為當時戰亂最頻繁的地方是中原地區(主要是在今河南省)，如果由琅邪西去荊州的首府襄陽，就必定要冒許多難以預測的風險，諸葛玄帶著一群細男弱女能夠出此下策嗎?
可是，由琅邪經彭城(今徐州市)前往江南，在魏晉之際是有水路可通的，比由陸路西行，相對來說，是要安全得多。因此，諸葛玄接受委派先往豫章就職，漢廷派朱皓前來接篆後，他又帶著眷屬去投奔劉表是比較合情合理的。
為了弄清問題的真象，我們還是來看看陳壽在《三國誌?諸葛亮傳》中的一段敘述吧：
亮早孤，從父玄為袁術所署豫章太守，玄將亮及弟均之官。會漢朝更選朱皓代玄。玄素與荊州牧劉表有舊，往依之。
這段記載的可靠性，在於：1.陳壽以蜀國人修蜀史，不會摭拾顯然有悖於諸葛亮生平事跡之事入史的。2.諸葛孔明乃蜀漢丞相，德業勳績，蜀漢人民皆耳熟能詳。他是如何由琅邪陽都到達荊州襄陽的，也無任何隱諱的必要。3.陳壽說:諸葛玄「為袁術所署豫章太守」，其中的「署」字為關鍵性之字。因為「署」是代理或暫時擔任的意思，諸葛玄出任豫章太守，大約只是出自袁術的私意，而沒有獲得漢廷的正式任命，故陳壽用「署」字來說明其情況。正是由於是「署理」(代理)性質，所以漢廷正式任命的太守朱皓一來，諸葛玄立即辦理移交手續。4.陳壽說諸葛玄是先帶著諸葛亮姐弟們去上任的，然後再去投奔荊州牧劉表，核其情節是比較符合實情的。陳壽在《進諸葛亮集表》中也說：亮「遭漢末擾亂，隨叔父玄避難荊州」，與《三國誌》本傳所述精神是一致的。根據上面所分析的情況，筆者認為陳壽的記載是可信的。至於《獻帝春秋》所述情況，只能是姑備一說而已。