第一、法正功勞太大、地位太高，智謀過人，諸葛亮知道自己沒有這個實力
從公元208年法正與張松定計到公元214年劉備攻取益州，法正輔佐劉備取得了巨大的成功，使得劉備集團實力大增，因為劉備名義上佔領荊州七個郡，實際上除了曹操戰領的一部分外，只有長沙、零陵、桂陽、武陵四個郡屬於劉備，後來還迫於形勢將長沙、桂陽、零陵三個郡又歸還東吳孫權，而劉備在攻取益州的十個郡後，地盤和兵員都迅速擴大，在這六年中，法正所起的作用是任何人都無法比擬的。
所以，劉備在奪取成都後，封法正為蜀郡太守，揚武將軍，外統都畿，內為謀主(相當於現在的北京軍區司令員兼北京市委書記而且還兼任中央軍委總參謀長)，而諸葛亮被封為軍師將軍、署左將軍府事，地位不比法正高，功勞沒有法正大。
217年，正說先主曰：「曹操一舉而降張魯，定漢中，不因此勢以圖巴、蜀，而留夏侯淵、張郃屯守，身遽北還，此非其智不逮而力不足也，必將內有憂逼故耳。今策淵、郃才略，不勝國之將帥，舉眾往討，則必可克。〔克之〕之日，廣農積穀，觀釁伺隙，上可以傾覆寇敵，尊獎王室，中可以蠶食雍、涼，廣拓境土，下可以固守要害，為持久之計。此蓋天以與我，時不可失也。」先主善其策，乃率諸將進兵漢中，正亦從行。
219年，先主自陽平南渡沔水，緣山稍前，於定軍、興勢作營，淵將兵來爭其地，正曰：「可擊矣。」先主命黃忠乘高鼓噪攻之，大破淵軍，淵等授首。曹公西征，聞正之策，曰：「吾故知玄德不辦有此，必為人所教也。」
先主立為漢中王，以正為尚書令、護軍將軍(相當於國務院秘書長、中央書記處書記兼中央軍委總政治部主任)，明年(220年)卒，時年四十五，先主為之流涕者累日，謚曰翼侯。賜子邈爵關內侯，官至奉車都尉、漢陽太守。
諸葛亮與正，雖好尚不同，以公義相取。亮每奇正智術。先主既即尊號，將東征孫權以復關羽之恥，群臣多諫，一不從。章武二年，大軍敗績，還住白帝。亮歎曰：「法孝直若在，則能制主上，令不東行，就復東行，必不傾危矣。」
先主與曹公爭，勢有不便，宜退，而先主大怒不肯退，無敢諫者，矢下如雨，正乃往當先主前，先主云：「孝直避箭。」正曰：「明公親當矢石，況小人乎?」先主乃曰：「孝直，吾與汝俱去。」遂退。評曰：龐統雅好人流，經學思謀，於時荊、楚謂之高俊，法正著見成敗，有奇畫策算，然不以德素稱也，儗之魏臣，統其荀彧之仲叔，正其程、郭之儔儷邪?
由此可見法正智謀深遠，膽識過人，可以與曹操手下的首席謀士參謀郭嘉相媲美，諸葛亮自歎不如，其實根本沒有實力、沒有能力處罰法正，因為在當時的情況下他根本不是法正的對手。
第二、法正是原益州劉璋部下投靠劉備的領軍人物，代表原來益州舊有統治集團的既得利益
在劉備剛剛奪取益州立足未穩的情況下，需要團結以法正為代表的李嚴、劉巴、黃權、吳懿、孟達等新近歸降的舊勢力，為劉備集團效力，以共同對付曹操和孫權，劉備之所以接受法正的建議娶吳懿的女兒為夫人(後被封為皇后)，就是為了團結一切可以團結的力量，搞好統一戰線，在這種情況下恐怕就連劉備也不敢輕易對法正下手，諸葛亮又怎麼敢與法正為敵呢?
第三、法正深受劉備的信任和倚重
三國誌載：「亮又知先主雅信正，故言如此。」也就是說諸葛亮的老闆對法正非常的信任倚重感激，諸葛亮不過是給劉備打工的而已，老闆不發話，諸葛亮自然也不願意與法正為敵，自討沒趣。
綜合以上因素，我認為諸葛亮之所以不敢惹法正實在是有著多方面的深層次的複雜原因，正因為如此諸葛亮才不能不敢不願處罰法正，因為法律也罷、軍事也罷、戰爭也罷，都必須服務於聯吳抗曹、奪取天下、興復漢室的政治大局，諸葛亮首先是一個卓越的政治家，因此他的做法自然也在情理之中。
其實諸葛亮不是不想收拾法正，只是力量不足，形勢不允許，時機不成熟罷了，以法正飛揚跋扈、睚眥必報的性格和所作所為，劉備最終不可能托孤給他，甚至在其生前必定會除掉法正，因為他必須為扶不起的性格懦弱的劉禪掃除一切障礙。
只是法正在220年就死去了，享年45歲，第二年221年劉備才稱帝，所以諸葛亮才沒有機會與法正爭奪蜀漢的最高統治權，否則鹿死誰手還真是尚未可知!