關於華佗怎麼死的歷史上有兩種說法，第一中說是華佗不肯為曹操治病，借口在家被曹操發現，抓回來在獄中拷打至死。另一種關於華佗怎麼死的說法是，華佗要開刀處理曹操的頭疼症狀，曹操多疑覺得華佗要害他，便投獄拷打至死。
歷史上華佗怎麼死的
華佗以醫術為業，心中常感懊悔，中國封建社會中醫生屬於「方技」，被視為「賤業」。後來曹操親自處理國事，得病(頭風)沉重，讓華佗專門為他治療。華佗說：「這病在短期之內很難治好，即便是長期治療也只能延長壽命。」華佗因為離開家太久想回去，於是說：「收到一封家書，暫時回去一趟。」華佗怎麼死的也正是因為這次回家。
到家之後，就說妻子病了，多次請求延長假期而不返。之後曹操三番五次寫信讓華佗回來，又下詔令郡縣征發遣送，華佗自持有才能，厭惡為人役使以求食，仍然不上路。曹操很生氣，便派人去查看。如果他妻子真的病了，便賜小豆四千升，放寬假期期限，如果欺騙，就逮捕押送，華佗怎麼死的結果可想而知。
結果華佗撒謊，於是用傳車把華佗遞解交付許昌監獄，經審訊驗實，華佗供認服罪。荀彧向曹操求情說：「華佗的醫術確實高明，關係著人的生命，應該包涵寬容他。」曹操說：「不用擔憂，天下就沒有這種無能鼠輩嗎?」華佗怎麼死的，終於把華佗在獄中拷問致死。