曹操曾參加過鎮壓黃巾起義的戰爭。184年，曹操即追隨皇甫嵩鎮壓過穎川黃巾軍，是鎮壓黃巾軍起義的老手。在鎮壓黃巾起義中多次立功，他的官職也不斷陞遷。漢靈帝光和末年，遷為濟南相，後為典軍校尉。漢獻帝劉協元年(190年)，他參與討伐董卓，以後又依附袁紹，被任命為東郡太守。兗州刺史被黃巾軍殺死後，曹操又接替了兗州牧的職位。
青州黃巾軍成為強大的農民軍隊
東漢末年的黃巾起義，是我國歷史上第一次以宗教組織形式出現的農民起義。他們的口號是「蒼天已死，黃天當立」。就是說代表東漢王朝的蒼天已經死亡，代表農民的黃天已經確立起來。他們起義的目的是實現「太平」，他們的經典是《太平清領書》，他們的起義組織是「太平道」。他們以黃頭巾為標誌，因而稱為黃巾起義。
東漢中期以後，由於封建政權殘酷的壓迫和剝削，外戚和宦官集團的殘暴黑暗統治，豪強地主大肆兼併土地，逼得農民紛紛起來造反。連年災荒，傳染病流行，飢餓貧病的農民，離開家鄉，到處流浪，當時的中國北方農村已是「白骨露於野，千里無雞鳴。」(曹操《蒿里行》)貧窮死亡迫使他們向鬼神求助。因而帶有迷信色彩的宗教組織，便在農民中迅速發展起來。
黃巾起義是一次有組織有準備的大規模的農民起義。從184年開始，前後持續了二十多年，參加人數有數百萬之多。活動的地區遍及青、徐、幽、冀、荊、揚、豫、兗八州之地。幽、冀、荊、揚、豫、兗六州黃巾起義先後失敗，只有青、徐兩州黃巾軍成為後期黃巾軍的主力。徐州黃巾軍遇到徐州刺史陶謙的打擊，全部轉入青州，青州成為黃巾軍的集結地。
青州軍轉戰冀、青、兗三州之間，經過一個時期的鬥爭鍛煉，成為一支堅強的農民軍隊。那時，青州(治臨淄)刺史焦和是一個昏庸無能之輩。他的軍隊還未和農民軍交戰，即望風而逃。北海(今山東壽光)相孔融，是一個好空談而不會打仗的書生。黃巾軍張繞率20萬眾，從冀州還攻北海，孔融大敗，逃至都昌(今山東昌邑)，又被黃巾軍管亥部隊包圍，只好請平原(今山東平原)相劉備派三千兵救援，方才解圍。
曹操收編黃巾軍為「青州兵」
191年11月，青州軍30萬人進攻泰山郡，和泰山太守應劭的軍隊多次交戰，損失慘重。這時，青州軍欲通過渤海地區和從太行山東進的黑山黃巾軍會合。他們在急行軍中缺乏戒備，在東光(今河北東光)附近，遇到公孫瓚出其不意的襲擊，犧牲三萬餘人，損失輜重數萬輛。青州軍欲渡黃河北上時，又遇公孫瓚的截擊，死者數萬，損失車甲財物不計其數。
192年4月，青州軍經過整頓後，決定向兗州進攻。在任城(今山東濟寧)殺任城相鄭遂，轉入東平(今山東東平)。在東平附近，粉碎了兗州刺史劉岱的主力部隊，殺死劉岱。青州軍又旺盛起來了。
當黃巾軍活動到兗州一帶的時候，黑山黃巾軍於毒、白繞、眭固等率十餘萬眾攻魏郡、東郡，東郡太守王肱不能抵抗。這時曹操引兵入東郡(今山東莘縣西)，並大敗白繞於濮陽(今河南濮陽)。袁紹推薦曹操為東郡太守。曹操聽說劉岱戰死，就派人勸說兗州官吏擁戴他為兗州牧。
192年，曹操率兵與青州軍在壽張交戰。當時的形勢，青州軍三十萬鬥志昂揚，「數乘勝，兵皆精悍」。曹操卻只有幾千兵，且「舊兵少，新兵不習練，舉軍皆懼」。初交戰時，曹操認為黃巾軍恃勝而驕，「欲設奇兵挑擊之」。曹操和濟北(今濟南長清)相鮑信率領兵騎千餘人進攻黃巾軍，遭黃巾軍迎頭痛擊，死數百人。鮑信殊死戰，曹操突圍而出，鮑信被擊斃。
青州軍三十萬，還有隨軍男女百餘萬，給養補給非常困難。起義軍的根據地青州，又被袁紹部下臧洪佔領，不能補充黃巾軍給養。曹操看到了起義軍的困難，避免和黃巾軍正面衝突，卻不斷進行零星襲擊。黃巾軍只好一面向濟北退卻，一面向曹操發出檄文說：「昔在濟南，毀壞神壇，其道乃與中黃太乙同。似若知道，今更迷惑。漢行已盡，黃家當立。天之大運，非君之力所能存也。」
檄文中提到，曹操過去做濟南相時毀壞神壇，曹操的所作所為，黃巾軍認為和他們的「中黃太乙道」相合。因為黃巾軍只敬皇帝和老子，「不奉他神」，對於其他的神鬼祠廟一律禁毀。黃巾軍把曹操當成「同道」，並幻想勸說曹操不要「迷惑」，不要和黃巾軍為敵。曹操這時將計就計，便對正處於補給困難的黃巾軍「數開示降路」進行誘降。他們一邊交戰，一邊談判，經過好幾個月的醞釀，終於在192年冬天，這一支強大的青州軍接受了曹操的收編。黃巾軍三十萬，隨軍男女百餘口，曹操選拔精銳，重加編製，號稱「青州兵」。郭沫若先生在《替曹操翻案》一文中曾指出：「曹操是被擁戴成了青州兵的領袖。我們可以想想：如果曹操完全是嗜殺成性、胡作非為的人，那幾十萬的青州兵、百多萬的農民男女，怎麼能夠聽他的指揮呢?不是倒過來把他幹掉，便盡可以一哄而散，然而不是這樣。」
青州兵在曹操集團中的地位
青州兵是曹操統一北方的重要軍事力量。在收編青州兵以後，曹操的勢力迅速壯大起來。此後，曹操才逐漸萌發了「平天下」的遠大理想。曹操在類似自傳的《讓縣自明本志令》一文中說：「當初被舉孝廉時，只是想當一名郡守，得一個清官好名聲。」任濟南相「除殘去穢」，「以為強豪所忿，恐致家禍，故以病還。」後遷為典軍校尉，意欲為國家討賊立功封侯，死後墓題「漢故征西將軍曹侯之墓」。不久，起兵討伐董卓，他的志向也是有限的。等到「領兗州牧，破降黃巾三十萬」，才有了平定天下的勢力，平定袁術袁紹劉表之後，遂有「平天下」之志。
曹操收降了青州黃巾軍以後，吸取黃巾軍缺失糧草的教訓、農民且耕且戰的經歷，196年在許下屯田，取得滿意的成績。在范縣、東阿屯田，興修水利，依靠了農民軍「男女百餘萬口」基本勞動力和生產技術，還有他們隨身攜帶的耕牛和農具。當時屯田分軍屯和民屯兩種，辦法是一樣的。無牛的公家貸牛，所獲公家得六成，私人得四成;有牛者所獲平分。取得初步成果後，遂在北方普遍推廣，州郡例置田官，有典農中郎將、典農都尉等專職領導，「數年所在積粟，倉廩皆滿。」屯田的好處是不僅能供應連年戰爭的軍糧，還增加了生產，減輕了農民的負擔，節省了農民遠道運輸的勞動，也使百姓富足生活提高。為曹操統一北方打下經濟基礎。
青州兵的活動事跡，歷史記載很少。《三國誌》中僅記載了以下部分事實：
194年，曹操攻呂佈於濮陽，呂布出兵迎戰，先以騎犯青州兵。青州兵被衝散，曹操陣營混亂起火，曹操墜馬，燒右手掌。部將樓潩扶曹操上馬，遂引去。曹操這次出兵不利，對青州兵沒有追究責任。(《三國誌·魏志·武帝紀》)
197年，曹操征張繡。於禁見十餘人被創裸走，於禁問其故，曰：「為青州兵所劫。」於禁怒曰：「青州兵同屬曹公，而還為賊乎?」於禁要聲討問罪，曹操知道此事後，不准問罪，未加處理。(《三國誌·魏志·於禁傳》)
220年，曹操病死。青州兵就「擅擊鼓相引去」。此時，眾人以為宜禁止之,不聽者可討伐之。賈逵不允，還告知所在給其廩食。(《三國誌·魏志·賈逵傳》注引《魏略》)
從以上三則史料可知：青州兵在受編之初，戰鬥力並不是很強。青州兵的編制，二十多年始終沒有打亂，保持了一定的獨立性。曹操在南征北戰中，幾度戰敗病潰，青州兵沒有離散，也沒有乘機倒戈。曹操集團中有的人對青州兵是有看法的，但曹操對青州兵始終是寬容的。曹操信任青州兵，青州兵也信任曹操。
公元210年，曹操發佈《求賢令》，用人不分貴賤，以才幹為標準。提：「二三子佐我明揚仄陋，唯才是舉，吾得二用。」可以錄用「不仁不孝而有治國用兵之術」的人。這直接衝擊當時世家豪族在用人上的壟斷權。
曹操集團的將領來自四面八方，有曹氏家族的，如曹仁、曹洪等;有夏侯氏家族的，如夏侯淳、夏侯淵等。有的是袁紹、袁術舊部，有的是韓遂、馬騰舊部，有的是呂布、劉表舊部。「拔於禁、樂進於行伍之間，取張遼、徐晃於亡虜之內，皆佐命立功，列為著名將領。其餘拔出細微，登而牧守者，不可勝數。」(《三國誌·魏志·武帝紀》注引《魏書》)
就是在戰將如雲的曹操集團中，卻沒有一個戰將是出身於青州兵的。青州兵跟隨曹操戰鬥了二十多年，難道這三十萬人中就沒有湧現具有戰將才能的人嗎?就沒有具有史書記載價值的功臣嗎?青州兵在曹操集團中到底處在什麼地位?這不能不說是值得深思的問題。