受《三國演義》的影響，今天的許多史學家也大都認為，華佗不僅醫術高明，而且醫德高尚，時刻心繫天下百姓的疾苦，不肯服侍權貴，專門為曹操一個人看病，於是借口妻子病重離開了曹操，曹操屢次催他回來他都不肯，最後曹操一怒之下把他給殺掉。
華佗之死責任果真全在曹操嗎?華佗真的沒有任何過失嗎?南京審計學院教授徐少錦先生和河北省平泉民族師範學校的林振清老師認為，華佗之死責任不全在曹操，兩篇論文的發表，終於解開了華佗被殺的真正原因。
曹操為何要殺掉華佗呢?《三國演義》對此的解釋可謂深入人心。在該書的第七十八回中，羅貫中詳細地描寫了曹操殺華佗的經過。
曹操為造建始殿，親自揮劍砍伐躍龍祠前的梨樹，得罪了梨樹之神，當晚做了個噩夢，驚醒之後便得了頭痛頑症，遍求良醫，均不見效
後來，華歆向曹操舉薦了華佗，曹操立馬差人星夜將華佗請來為他看病。華佗認為曹操頭痛是因中風引起的，病根在腦袋中，不是服點湯藥就能治好的，需要先飲「麻肺湯」(按：也就是人們所熟知的「麻沸散」，是華佗發明的一種麻醉劑)，然後用利斧砍開腦袋，取出「風涎」，才可能去掉病根。
多疑的曹操以為華佗是要藉機殺他，為關羽報仇，於是命令左右將華佗收監拷問，致使一代神醫屈死在獄中，而華佗所著的《青囊書》也因此失傳。