那又是什麼原因導致了曹操，要下手殺掉這個可以救自己的神醫呢?
關於華佗被殺的理由，常見的說法有三種：
1，《三國演義》裡，華佗的治療方法先用麻沸散劈開頭顱，藉由此來救治曹操的頭風病。性格多疑的曹操聽說這個醫生要劈開自己頭顱，一想這還得了，頭開了哪裡還有活路，疑心華佗要害他，便殺掉華佗
2，《三國誌》裡，華佗瞧不上曹操的為人，並不想63歲還要時刻守在曹操身邊，救治他，便撒謊妻子生病，以此為借口回家不來了。曹操得知自己被欺騙，很生氣便下令殺死華佗;
3，華佗說過「此近難濟，恆事攻治，可延歲月」，也就是曹操這種病不是那麼容易治好的，持續治療，也只能稍微延緩壽命。但在曹操聽來，這句話翻譯過來就是你華佗是不是故意不治好我，想藉著治病為名頭搞事情啊?
在《三國誌》和《後漢書》中，都有個很奇怪的地方，華佗既然厭惡行醫，到了「然本作士人，以醫見業，意常自悔」的程度，竟然「沛相陳珪舉孝廉，太尉黃琬辟，皆不就」。
曹操想殺華佗，把他關進監獄之後，華佗又是從哪裡得來的刀筆、竹簡或者紙張，能夠有時間寫出「一卷書與獄吏」?如果說是獄吏所給或者監獄本就提供，這在當時並不現實，曹操不聽荀彧勸，執意要殺華佗，這時獄吏怕牽連不肯把書拿出去，之前也肯定不敢拿東西進來給華佗。華佗又是如何在關押狀態中，能夠用火燒掉著作?
《三國誌》和《後漢書》之間矛盾的地方，似乎在告訴我們，曹操用華佗欺騙他為理由，匆匆殺死華佗，更像是在故意遮掩些什麼。結合起來，常見的三種說法中，似乎曹操疑心華佗借口長期治病，來達到「欲以自重」的目的，更加合理一點。
也就是曹操心中覺得華佗居心不良，才會說自己的病要一直治下去，這樣的華佗即便不殺，也不會給自己治病。