曹操殺華佗，似乎自斷後路，所以後人多有疑者。《三國演義》的作者，是反曹派的大將，他寫到曹操的兒子及自己生病，悔殺華佗時，得意之色，紙不能掩。不過我們知道，《三國演義》裡的許多故事都是杜撰的，比如關羽刮骨療毒，這個事是有的，但不是華佗所為。
古時，醫人不為時所重，著名的張仲景，在正史中就無傳，華佗有傳，卻在《後漢書》的《方術傳》，及《三國誌》的《方伎傳》中。欲為名醫，得給名人看過病，張仲景醫中亞聖，而且做過太守，但論政事，他大概沒什麼可傳的，論醫術，他診治過的最有名的人，不過是文人王粲，所以百代醫師，史竟無傳。華佗給曹操、司馬懿看過病，得入《方術傳》，已經算幸運了。
華佗被曹操召至身邊，身份是術士。曹操前期，對道術在半信半疑間。除華佗外，魔術家左慈，通房中術的甘始，能藏在壺裡的費長房，會辟榖的郗儉，身子能發光的東郭延年，他都羅致到都中，既是好奇，也是防範這些人在外面生事。華佗醫術雖高，在曹操看來，大概也是方士者流，並不真正看重。把華佗下獄時，也有人勸他，說華佗的醫術著實不錯，人命所繫，應該寬宥。曹操說:「不憂，天下當無此鼠輩耶?」
曹操對人，是寬容還是嚴苛?難以定論。有些人，胡作非為好多次，他也容忍，有些人，他卻因小故殺之。大約曹操以智術自雄，最不願受人欺。他有慢性的頭痛病，華佗對他的病，可能說過一點大話，所以曹操覺得，華佗其實能治好他的病，卻不肯給他去根，欲以自重。曹操心生恨意，寧肯頭痛，也不願為「小人」要挾，便把華佗殺掉。
華佗能治好曹操的病嗎?
古代的醫生，一半身份是術士，僅治常見病，是出不了名的。
別的故事，也都與此相類。別的名醫，也都有這樣的故事。如張仲景，能「穿胸以納赤餅」，何等駭人，徐之才治腳病，剖出兩隻蛤子，亦屬神術，唐代的孫思邈，用瘋狗的腦子治狂犬病，更是想像力驚人。
並非是這些醫家有意騙人，而是有所不得已。那時醫學的基本理論沒有建立，醫生的地位，也在非醫非巫，不仙不道之間，常見病便是治了百例，人也不以為佳，所以遇到稀罕一點的病，醫生往往隱藏真實的手法，而示人以異術，又或編造奇事，使人傳誦，用現在的話說，都是生活所迫。只是長此以往，對醫生自己，以及對醫學的發展，終是不利的。
慢性頭痛病，在今天來說，病因花樣百出，有說得清的，有說不清的，治癒很難。但曹操會想，他既然這麼了得，什麼稀奇古怪的病都能看好，怎麼會看不好我的頭痛病?一定是有意欺我。
華佗是士人出身，後以醫術立身，那在當時是賤業，他的心裡，是不愉快的。他的脾氣壞，不會取悅於人，在都中住了些年，便生歸意。他找了個托辭，回到家裡，曹操召了他幾次，他也不出來，說妻子生病了，無法就道。曹操派人前去看驗，若華佗的妻子果然生病，便賜小豆四十斛，若是假病，就抓到獄裡。
不知是他的妻子果然沒有生病，或使者傾害，華佗被捉到許昌拷問，一代名醫，就這麼死在獄中。 古書裡說華佗能剖開人腹，湔洗胃腸，在今天看來，很難相信。他的麻沸散，處方沒有傳下來，後人考證，裡面或有曼陀羅花。但即使有曼陀羅，再加上酒的作用，能使人在刀割肚子時昏無所覺，也是無法想像的。不過，雖然有誇大其辭的成分，華佗大約確曾發明一種麻醉的辦法，減少手術時病人的痛苦，可惜我們已不知其詳，因為華佗的醫書，一本也沒有傳下來。後來托名華佗的書有上百種，都是後人偽托。