在董卓執掌國政時間，最忌諱的人有兩個，一個是左將軍皇甫嵩，一個是京兆尹蓋勳。當董卓廢少帝，殺何太后之時，天下人群情激憤，不過，考慮到自身的利益，多數人選擇了沉默。即便是袁紹、袁術等人起兵，也不過是在董卓執政的情況下無法生存，而起兵將獲取更大的利益罷了。他們都是一些只有自身利益，而不顧及朝廷危亡，百姓疾苦的冷血軍閥。而皇甫嵩呢?皇甫嵩是漢末著名將領，黃巾之亂幾乎可以說是皇甫嵩一人搞定的，雖然朱雋將軍也立功不少，但是敗張角，殺張梁、張寶，黃巾主力都被皇甫嵩擊潰。不過，皇甫嵩此人是一個標準的軍人，雖然很能打，但是在政治上卻沒有什麼野心，甚至可以說沒有一點的反抗之心，只要是上級命令，他就尊從，就算這個上司是天下人痛恨的董卓。
於是，在被解除兵權之後，董卓也就不怎麼害怕皇甫嵩了。可蓋勳就不同了。蓋勳在靈帝末年，深受皇帝信任，在大臣中的威信，也遠過大人。蓋勳被任命為京兆尹。蓋勳到任之後，打擊豪強，毫不手軟，當時長安令楊黨，父親就是太監頭子，依仗權勢貪婪放縱。蓋勳調查瞭解到楊黨搜刮了上千萬錢的贓款，就上奏朝廷依法處理。當時許多朝廷大臣紛紛求情，蓋勳不聽，漢靈帝也不想太監勢力過於強大，於是下旨糾察，楊黨和父親都被抓了，整個京師震動不已。當時有個小黃門(太監頭目)叫高望的，擔任尚藥監總管，很得皇太子寵幸。皇太子找到蹇碩，希望由蹇碩出面推薦高望的兒子高進為孝廉。蹇碩推薦了，可是京兆尹蓋勳竟然不批准。有人就勸說蓋勳，皇太子是國家的儲君，高望是皇太子寵幸的人，而蹇碩是漢靈帝的寵臣，現在您一下得罪了三個人，以後可怎麼辦啊。
蓋勳平靜地說：「選舉人才是國家大事，不是賢人怎麼能夠推舉，為這件事情就算是死了，我也沒什麼遺憾。」蓋勳雖然在外地任職，可是漢靈帝對蓋勳非常信任，經常下手令詢問一些事情。也正是由於漢靈帝的信任，蹇碩等人也不敢對蓋勳下手。等到漢靈帝去世之後，董卓專權，蓋勳很氣憤，寫信給董卓說：「當日伊尹和霍光是為了國家廢掉皇帝，依然讓天下寒心;你不過是個跳樑小丑，有什麼資格廢掉皇帝。你啊你，祝賀的人現在在大門口，為你弔喪的人也馬上就來了!」董卓接到信很生氣，但是也很害怕。
京兆尹雖然是地方職務，但是卻鄰近洛陽，若蓋勳盡起兵馬，勾連諸侯，反抗董卓，東漢歷史就可能改寫。當時左將軍皇甫嵩有精兵三萬，在靠近京兆的扶風駐紮，蓋勳和皇甫嵩秘密結盟共同反抗董卓。可是，董卓也意識到了皇甫嵩和蓋勳手握重兵，一旦進攻自己，自己勢必大敗，於是假借皇命徵召皇甫嵩和蓋勳入朝。一些人勸說皇甫嵩不必應徵，可最終皇甫嵩還是選擇了前往洛陽，結果兵權被解除，人也被軟禁了起來。蓋勳看皇甫嵩已走，自己獨木難支，也只能選擇應召入京。董卓想選一位官員擔任司隸校尉，就詢問司徒王允的意見，王允推薦蓋勳，可是董卓說，蓋勳這個人太聰明，絕對不能把如此重要的職務交給他。於是給蓋勳一些閒職，不久之後又讓蓋勳外放為穎川太守，如此忌憚蓋勳。
後來董卓和關東諸侯交戰，河南尹朱雋向董卓陳訴戰略，董卓故意侮辱朱雋，說：「我西涼大軍百戰百勝，你別亂說!」當時蓋勳已經調任回京，於是上前說道：「想當年武丁大王何等鮮明，依然懇求他人進諫。何況是像你這樣的人，難道還想讓別人不開口嗎?」蓋勳對董卓毫不客氣，甚至一點不尊重，可是董卓畏懼蓋勳的大名，也無可奈何，自我解嘲說：「我只是說句玩笑話啊。」蓋勳步步緊逼，說：「軍國大事也可以開玩笑嗎?」董卓無奈，只好向蓋勳道歉。五十一歲的時候，蓋勳重病，囑咐家人千萬別接受董卓的什麼褒獎饋贈，可是董卓為了遮人耳目，表示寬大，把皇宮的一些東西賞賜給蓋勳。蓋勳一死，朝中就再無人敢和董卓正面對抗了。