明孝陵原是開善寺寶公塔的舊址。開善寺始建於南朝梁武帝時，系梁武帝為寶志和尚所建。傳說，這個寶志，就是人們熟知的濟公和尚的原型，他一生多在南京度過，七歲時出家當了和尚，成年後常常赤足行於街市，並且預言多有應驗，因此深得梁武帝的賞識。
獨龍阜確實是個難得的好地方，這裡陽光充足，和風冉冉，生機勃勃。再者，山勢平緩，地基堅實，易於施工，可長期保持建築物的乾燥，可謂「永垂千古」。明初，為了營造朱元璋的孝陵，寶公塔被遷往紫金山東麓。據傳，在遷移寶公塔的時候，寶志和尚的真身竟然端坐於對合的兩隻缸內，「指爪繞身數匝」，士兵們無法搬動。無奈之下朱元璋只好親往賠禮，並當場許以金棺銀槨厚葬，另建靈谷寺，並贈莊園360頃供奉香火。
明孝陵建造歷時長達32年，先後調用軍工10萬，耗費了大量的人力和物力，陵內植松10萬株，養鹿千頭，陵前還專設孝陵衛，派5000士兵守衛。修陵期間，和朱元璋共同開創大明王朝的一些開國元勳，如中山王徐達、開平王常遇春、岐陽王李文忠等相繼逝去，朱元璋統統「賜葬」他們於「鍾山之陰」，即今紫金山北麓蔣王廟一帶，令他們永世拱衛自己。朱元璋本人則與馬娘娘、兩個貴妃以及被迫「殉葬」的宮女一百多人，獨佔鍾山南坡，終享「陰福」。
稍加留心您就會發現，與中國許多皇陵的佈局截然不同，明孝陵自大金門始，然後是四方城，轉個彎才是石像路，又折彎，是文武官員石雕像，再次折彎方進入墓區，摒去歷代皇陵的對稱規制，究竟原因何在呢?旅遊者每每到訪此地，常常會聽到導遊向大家講述一個美麗的故事：建陵時，主持工程的中軍都督府僉事李新曾經進言，將位於孝陵南邊正對孝陵大門小山(梅花山)上的孫權墓移開，可朱元璋卻不准奏，他大度地說，「孫權也是一條好漢，留著給我看門吧」。
箇中奧秘究竟怎樣?較為普遍的說法有「風水」說、「北斗星座」說等，「北斗星座」之說一度似乎還佔了上風。然而，上述論點卻遭到一位地質專家的質疑。原來，這梅花山一帶岩石堅硬，地質學上稱之為礫岩、長石石英砂岩等，以當時的經濟實力、施工工具和手段實在難以開鑿，唯一選擇只有繞道。