按照常理，既然劉巴當初選擇了離開自己，並且阻止過劉備入川，劉備自然該快意恩仇，殺掉劉巴。可是劉備沒有。劉備入川之後，為了他的大業，繼續違背自己本心的展現他仁德之君的寬容大度。
收復荊州南部三郡任務失敗之後，劉巴遠走交趾避禍，之後又逃到了雲南，差點被殺，漂泊流離終於來到了益州。當初，劉璋的父親曾經得到劉巴父親的舉薦，劉璋看到劉巴來投非常高興。劉巴本來是想借道回到曹操身邊，可是看到劉璋也有心歸附曹操，於是就留下來做劉璋的工作。如果能夠成功的說服劉璋，那也算是失之東隅收之桑榆，完成了當初接收荊州的使命。可沒想到劉璋派遣張松前往許都，張松因為自己受到冷落而選擇了歸順劉備，幫助劉備奪取益州。在張松、法正等人的勸說下，劉璋邀請劉備前來幫助平定張魯。當時，劉巴曾經明確的表示反對，他說：「劉備，雄人也。入必為害，不可內也。」劉巴料定劉備進入川中，必定奪取劉璋的地盤。
劉巴對劉備這個偽君子看得很透徹，劉備正是打著幫助同為漢室宗親的劉璋，平定張魯的旗幟進入川中，然後奪得益州的。
劉備平定益州之後，對如何對待劉巴，很費了一番腦筋。
按照常理，既然劉巴當初選擇了離開自己，並且阻止過劉備入川，劉備自然該快意恩仇，殺掉劉巴。可是劉備沒有。劉備入川之後，為了他的大業，繼續違背自己本心的展現他仁德之君的寬容大度。劉備厚待參與政變的法正，後代中立派董和，優待臨到成都即將潰敗翻牆來歸的老臣許靖，但是這些還不足以讓益州官員躁動的心平定下來。劉備此人，處處學習高祖劉邦，劉邦曾經先封賞自己的仇人，而劉備也選擇了優待劉巴。
劉備先讓在益州城中地位僅次於自己的心腹張飛前去拜訪劉巴，表達自己的善意。張飛到了劉巴家裡一整天，劉巴都不和張飛說一句話。張飛很鬱悶，甚至主動申請晚上留下來和劉巴一起睡覺，聯床夜話增進感情，可又遭到劉巴的拒絕。之後，當年的故友諸葛亮寫信給劉巴，勸說劉巴也要顧及一點張大將軍的臉面，劉巴傲然說：「大丈夫處世，當交四海英雄，如何與兵子共語乎?」劉巴對軍人出身的張飛，不屑一顧。
可是，得罪了張飛就等於得罪了劉備，劉備生氣的說：「孤欲定天下，而子初專亂之。其欲還北，假道於此，豈欲成孤事邪?」劉備剛入益州，穩定為上，可是劉巴卻故意搗亂，破壞和諧的大好氛圍，讓劉備很沒有面子。但是，後來劉備又覺得自己說話太硬了，劉巴肯定不吃這一套，於是劉備轉而軟語安慰，說：「你劉巴啊，除了在我劉備的手上，誰會重用你這個聰明人呢?」劉巴很厲害，就算是諸葛亮也曾經表示：「運籌策於帷幄之中，吾不如子初遠矣!」於是，在劉備一手威嚇，一手軟求的雙重壓力下，劉巴只能選擇了從眾，歸順了劉備。
在劉備攻打成都的時候，曾經向官兵們表示，一旦攻入成都，財寶隨便搶，可等到進入益州之後，物價飛漲，經濟幾乎要崩潰。劉備自然不能收回成命，那樣就是打自己嘴巴了。還是劉巴提了個建議，劉巴建議鑄造新錢，可以以一當百，自然可以平抑物價。推行之後，益州的經濟果然迅速穩定下來。劉巴在劉備身邊官運還不錯，先是擔任尚書，等到法正死去之後又接任為尚書令，成為蜀漢中央高級官員，在劉備稱帝前後的幾乎所有文告、詔令，都是出自劉巴的手筆。
可是，劉巴知道，劉備並非是真正信任自己，雖然自己有才，可是從來沒有當自己是心腹。於是劉巴小心翼翼的過著自己的小日子，除了朝廷的公事，從來不和蜀漢官場的其他人來往，除了一些一定要表態的公事，劉巴也從來不隨便評論是非，夾著尾巴做人。於是，劉備擁有了愛才的美名，劉巴也得以苟全性命。