孔融在《三國演義》中，不算主要人物，第四十回，孔融之死的原因是，曹操起兵三十萬，欲掃平荊州，征伐劉表、劉備與孫權。孔融認為不可，並說「以不仁伐至仁，安得不敗乎!」此話被郗慮報知曹操，同時他又在曹操面前，說起孔融往昔的狂傲，曹操盛怒之下，誅殺…孔融在《三國演義》中，不算主要人物，第四十回，孔融之死的原因是，曹操起兵三十萬，欲掃平荊州，征伐劉表、劉備與孫權。孔融認為不可，並說「以不仁伐至仁，安得不敗乎!」此話被郗慮報知曹操，同時他又在曹操面前，說起孔融往昔的狂傲，曹操盛怒之下，誅殺掉孔融全家，在演義中就此落幕。事實上孔融的坎坷變幻，遠不於此。
孔融是孔子二十世孫，自幼以孝知名，文采蜚聲一代，是建安七子之一。他的仕途從中央到地方再到中央，在漢末史上，充滿著多變的色彩。
嘉平六年(171年)，二十五歲的孔融，在司徒楊賜府為司徒掾(司徒府中的部門負責人)，開始進入仕途。當時正暗中調查貪官，孔融檢舉的官吏，多是宦官親族，此事尚書覺得畏難，孔融卻嚴辭不阿。中平元年(184年)，何進封為大將軍，孔融奉命致賀，被阻於門外，憤然而去，為此何進曾派出刺客，刺客進言於何進，孔融名氣大，此舉不是爭取人心的辦法，當予重用才是，因此孔融又擢升為侍御史(主管宮中奏事，彈劾官吏等)。董卓專權時，又為司空掾，三日後，陞遷為虎賁中郎將(負責宮中警衛)，對董卓廢立，孔融匡正直言，觸犯了董卓，再轉為議郎(負責顧問的應對)。
初平元年(190年)，黃巾侵擾州郡，北海國(今山東昌樂西)地處要衝，董卓調任孔融為北海相(朝廷派往諸侯國的鑒察官)，可能是董卓眼不見心不煩。
孔融在北海，以濟世為自任，舉薦賢才，重用儒士，尤其崇敬經學大師鄭玄，在高密縣(今山東高密)特立鄭公鄉。不久，幽州叛軍突至城下，北海一片惶恐，孔融出城遊說叛軍，穩住了局面，又與別將夜襲幽州軍，收在部下，但後來這些人還是叛逃而去。
初平二年(191年)，孔融動員吏民，治軍講武，並與鄰近互為聯合。黃巾張饒所部二十餘萬，由界內經過，孔融酒後迎戰，被張饒所敗，退守朱虛縣(今山東臨朐縣東)，收集散兵，並安置被黃巾裹挾的四萬餘眾，置城邑，立學校，推行儒術，彰顯孝道，對於無家死亡者，予以妥善安葬。一年後，黃巾管亥又來攻城，孔融自料不敵，向平原相(今山東平原縣)劉備求救，劉備以三千援軍解圍。
興平元年(194年)，北海處在黃巾的漩渦中，孔融退走徐州(治所在今山東郯城縣)，正值陶謙去世，曾力勸劉備擔任州牧。興平二年(195年)，劉備推薦他為青州刺史。當時青州刺史有三人，田楷為公孫瓚任命;袁譚為袁紹所立，孔融僅佔據北海國中一、二個縣城。建安元年(196年)，因孔融不依附袁紹，被其子袁譚所攻，自春至夏，袁兵猛烈進攻，戰鬥異常激烈，北海兵僅剩數百人。孔融卻憑案讀書，小城終於在夜間失陷，妻子被虜，他敗逃東山。
建安元年九月，漢帝遷都許縣，四十四歲的孔融，被徵召為將作大匠(掌管宮室修建的官員)。新都草創，朝中議會或應對事宜，都是孔融主持其中，公卿僅列名次，可見他的學識，在當時是有影響的。現舉三例，可見孔融從政的見地。
馬日磾奉命出使淮南，有意接近袁術，而袁術卻輕視他，並奪其符節(代表中央使臣的一種象徵)，至使馬日磾嘔血而亡，公卿所論是要以禮製表彰他。孔融認為，袁術叛逆蓄謀已久，日磾在彼近一年，必有所知情，卻態度曖昧，今皇上體撫舊臣，未加追查細情，就已是很寬恕了，此事不宜過渡宣揚。
建安二年，袁術僭越帝位，太尉楊彪與袁術有親屬關係，曹操以此欲藉機除掉楊彪，將他下獄勘問。孔融認為楊彪，三世三公相漢，德高望重，未曾與袁術同流。所以急切找到曹操，以周禮「父子兄弟罪不相及」為其辯解，曹操內心雖是耿耿於懷，但找不出楊彪與袁術的任何瓜葛，罪名難以成立，最後只好放了楊彪。
建安四年，孔融調任為少府(掌管皇帝衣帽、膳食的管員)，當時荊州牧劉表，不向朝廷進貢，又自行郊祭天地，是僭越行為。漢帝詔示群臣討論，孔融分析道，劉表雖然拔扈一方，罪不容赦，但是為了當前大局，暫時還不易揭露他，因為他地處偏遠，不可能有大的作為，陛下應以國家為重，一旦聽說不軌就興兵討伐，這不是解決問題的根本的辦法。我以為要先放一放劉表的事，以便鞏固全局。孔融對曹操，言語多有譏諷，來表明自己態度，史有其例是：建安九年(204年)，曹操攻佔鄴城，曹丕私納袁熙之妻甄氏，孔融致書於曹操說，「武王伐紂，以妲己賜周公。」曹操事後問孔融，出自那種典籍?孔融回答「以今度之，想當然耳。」建安十一年(206年)，曹操北征烏桓，孔融曾說，「大將軍遠征，蕭條海外。昔肅慎不貢楛矢，丁零盜蘇武牛羊，可並案也。」意思是說，商周時的肅慎族，不向伐紂的武王貢獻楛矢(楛是一種做箭桿樹木);前漢蘇武在北海放牧，羊群被丁零人盜走，這些事都可以一併結案了。稍後，孔融反對曹操禁酒，曾說「人有旨酒之德，故堯不飲千鐘，無以成其聖，且桀紂以色亡國，今令不禁婚姻也。」再後，孔融為了限制其權力，上奏漢帝宜推行「王畿制」，即在京城千里內，不予分封。因孔融知名，曹操表面上雖似寬容，但心中卻非常忌恨。
有一個叫郗慮的人，深解曹操之意，他上奏漢帝，因為一些小過，力諫罷免孔融。郗慮與孔融是同鄉，他的帶頭，頗有震撼力。再後由曹操出面，致書於孔融，勸說孔融與郗慮和解，不要因為一些誤會，成為隔閡。書中重點在最後一句，「破浮華交會之徒，計有餘矣。」意思是說，你不要再誇誇其談，並結交類似的朋友，暗示孔融站到曹操這邊。建安十二年(207年)，曹操又推薦他為太中大夫(掌管議論政事)。這一軟硬兼施的信號，並沒改變孔融的初衷。
孔融直言無忌，聞人之善極力宣揚，面告其短退稱所長，知無不言以為己過，所以海內英賢都信任他，經常是賓客盈門，「坐上客恆滿，尊中酒不空」。孔融的威望，終於使曹操採取了果斷措施，使郗慮再次羅織罪名，令路粹出面，揭發孔融的「四大罪狀」：一，在北海見漢室多故，招集徒眾說，「有天下者，何必卿金刀。」又與孫權使謗訕朝廷，這是叛逆證據。二，身在公卿之列，衣冠有違禮儀，帶頭冒犯朝威。三，孔融曾說，「父之於子，當有何親?論其本意，實為情慾發耳。子之於母，亦復奚為?譬如寄物缶中，出則離矣。」這些有悖人倫之說，是大逆不孝表現。四，孔融與禰衡相互吹捧，禰衡說孔融是「仲尼不死」;孔融回答是「顏回復生」。以上所為，應處予重罪。
曹操以此為典型，於建安十三年(208年)五月，誅殺掉孔融與其全家，就這樣五十六歲的孔融，被劃上叛逆加不孝的句號。因為孔融在社會上，影響重大，事後，曹操又覺得難以服眾，所以又親自發佈一篇「宣示孔融罪狀令」，在這篇文告中，曹操不談叛逆，只著重指出他「違天反道，敗論亂理」的罪名，宣示於諸軍將校，並以此搪塞世人。
縱觀孔融一生，他的仕途並沒有帶給他多大榮耀，而他的落幕是，以孝知名又毀在孝字上，真是有些不可思議。孔融曲折的經歷，詮釋了一個書生報國，心有餘而力不足的悲劇，他的實踐可以從三個方面總結。
第一，孔融就任一方，在大動亂中，雖然也曾整軍備武，但看不出他的自衛能力，說明他缺乏軍事才能。而他的要旨是，試圖以興學重儒，舉薦人才，達到以文治亂的目的，結果證明，在亂世權變中，到處碰壁。孔融近乎荒唐的臨陣對敵，又只能是屢屢敗北。這股書生氣，在兵荒馬亂中，顯得即蒼白又不合時宜，面對這一現實，孔融並沒有從失敗中，感悟到教訓與啟示。
第二，孔融在中央，無論是董卓還是曹操當權，他敢於不懼權勢，直言不諱，嫉惡揚善，試圖以自己意願，匡正朝綱，這些都寄托著孔融濟世的才識。低調處理馬日磾;全力營救楊彪;對劉表知而不發，這些主張，應該說有利於當時政局的穩定，說明他在從政上還是有高明之處，倘若在治世時，說不定他會大有作為。孔融投身在衰微的亂世，力圖再造中興，只能是他一種夙願。《後漢書》說他，「負其高氣，志在靖難，」就是這種寄托。
第三，孔融出身世家，正統思想根深蒂固，他與曹操，是同時代人，但他與曹操的政治取向，是截然不同，當初，袁紹、曹操初露頭角時，有人勸他要結識一方，孔融深知袁、曹終要圖謀漢室，怒殺其人，表明了他的立場。
十多年來，曹操大權在握，在朝中扶植親信，挾天子令諸侯，已成為既定的事實。孔融在曹操控制下的朝廷中，敢於鋒芒畢露，抵制曹操，可見他不懼權勢，是有些膽略，但這種無畏的對抗，沒有一點用處，也不可能左右大局，相反，必定為曹操所不容。曹操誅殺孔融，就是要在朝中，清洗那些擁漢勢力，以便攫取更大的權力。果然，孔融被殺後，六月曹操自立為丞相。
按孔融的一貫所為，不可能如路粹所說，是背叛加不孝。曹操在「宣示孔融罪狀令」中，不提叛逆一節，就已否定了這一點。在所有罪狀中，孔融的一些言論，是在什麼情況下說的，是否真如此，已無從查證，即使如路粹揭發，一些有損於形象的戲虐之言;還有他推薦的袮衡，給曹操帶來的揮之不去的陰影。這些也不足以構成死罪，更何況是株連全家!曹操含糊其辭處置了孔融，更加無所顧忌。七月，曹操親率大軍征討荊州，邁進了赤壁之戰的前夜。
孔融不具應變之策，僅以書生的熱情，沖在治亂的實踐中，實際上是志大才疏，注定要倒在強權下。反之，即使曹操不殺他，恐怕他也難有作為。
孔融對曹操，言語多有譏諷，來表明自己態度，史有其例是：建安九年(204年)，曹操攻佔鄴城，曹丕私納袁熙之妻甄氏，孔融致書於曹操說，「武王伐紂，以妲己賜周公。」曹操事後問孔融，出自那種典籍?孔融回答「以今度之，想當然耳。」建安十一年(206年)，曹操北征烏桓，孔融曾說，「大將軍遠征，蕭條海外。昔肅慎不貢楛矢，丁零盜蘇武牛羊，可並案也。」意思是說，商周時的肅慎族，不向伐紂的武王貢獻楛矢(楛是一種做箭桿樹木);前漢蘇武在北海放牧，羊群被丁零人盜走，這些事都可以一併結案了。稍後，孔融反對曹操禁酒，曾說「人有旨酒之德，故堯不飲千鐘，無以成其聖，且桀紂以色亡國，今令不禁婚姻也。」再後，孔融為了限制其權力，上奏漢帝宜推行「王畿制」，即在京城千里內，不予分封。因孔融知名，曹操表面上雖似寬容，但心中卻非常忌恨。
有一個叫郗慮的人，深解曹操之意，他上奏漢帝，因為一些小過，力諫罷免孔融。郗慮與孔融是同鄉，他的帶頭，頗有震撼力。再後由曹操出面，致書於孔融，勸說孔融與郗慮和解，不要因為一些誤會，成為隔閡。書中重點在最後一句，「破浮華交會之徒，計有餘矣。」意思是說，你不要再誇誇其談，並結交類似的朋友，暗示孔融站到曹操這邊。建安十二年(207年)，曹操又推薦他為太中大夫(掌管議論政事)。這一軟硬兼施的信號，並沒改變孔融的初衷。
孔融直言無忌，聞人之善極力宣揚，面告其短退稱所長，知無不言以為己過，所以海內英賢都信任他，經常是賓客盈門，「坐上客恆滿，尊中酒不空」。孔融的威望，終於使曹操採取了果斷措施，使郗慮再次羅織罪名，令路粹出面，揭發孔融的「四大罪狀」：一，在北海見漢室多故，招集徒眾說，「有天下者，何必卿金刀。」又與孫權使謗訕朝廷，這是叛逆證據。二，身在公卿之列，衣冠有違禮儀，帶頭冒犯朝威。三，孔融曾說，「父之於子，當有何親?論其本意，實為情慾發耳。子之於母，亦復奚為?譬如寄物缶中，出則離矣。」這些有悖人倫之說，是大逆不孝表現。四，孔融與禰衡相互吹捧，禰衡說孔融是「仲尼不死」;孔融回答是「顏回復生」。以上所為，應處予重罪。
曹操以此為典型，於建安十三年(208年)五月，誅殺掉孔融與其全家，就這樣五十六歲的孔融，被劃上叛逆加不孝的句號。因為孔融在社會上，影響重大，事後，曹操又覺得難以服眾，所以又親自發佈一篇「宣示孔融罪狀令」，在這篇文告中，曹操不談叛逆，只著重指出他「違天反道，敗論亂理」的罪名，宣示於諸軍將校，並以此搪塞世人