在赤壁之後，周瑜的名聲如日中天，在江東甚至隱隱然有凌駕於孫權之上的勢頭。
曹操在退兵之後曾經給孫權寫信，說：「赤壁之戰，只不過是因為我軍流行疾病，我自己燒掉戰船撤退，卻讓周瑜小兒獲得戰勝的虛名。」曹操鄭重表示：我曹某人對赤壁退兵並不感到羞恥!曹操寫這封信用心大大的壞，一是告訴孫權，現在天下人都把赤壁之戰勝利的功勞算在周瑜的頭上，這是不符合事實的，二是說，天下人現在都認為保全江東，讓你孫權能夠繼續偏安當老大的就是周瑜。你孫權是靠別人罩著才能坐江山的。曹操的話有真有假，說自己只是燒船撤退，就有點給自己臉上貼金了。當然，曹軍瘟疫流行，導致戰鬥力下降那應該不假。
可以想像，年輕的孫權，看到這封信，心中當然會很不爽。可曹操還好，劉備就更直接，更狠毒。有一次，孫權和劉備單獨聊天，劉備就感歎：「周公瑾這個人啊，那絕對不是一般人啊。文韜武略，是萬中無一的人尖子。我看他氣度恢宏，志向遠大，恐怕不會甘心長久做一個臣子啊。」當時劉備和孫權是盟友，更是親戚，孫權把自己的妹妹嫁給了劉備，兩郎舅在一起說私房話。劉備此人是公認的梟雄，貌似厚道卻極有權謀，這番讒言，完全一副為孫權考慮的樣子。其實，當時的劉備剛剛擁有荊州，立足未穩，如果孫權、周瑜君臣之間內鬥的話，劉備就可以趁機鞏固地盤了。
曹操和劉備為了各自的利益，挑撥孫權和周瑜的關係。孫權雖然年輕，卻也了得，當然不會輕易中招，周瑜依然是江東的軍事統帥，直到去世。那周瑜有沒有自己的小算盤，甚至像劉備所說的，可能廢掉孫權，在江東自立呢?
周瑜應該說沒有，至少是沒有明顯表露出來。
周瑜的功勞很大，大到可以在江東自立。當年，孫策帶領兩三千人馬來搶奪江東，人丹利伯，周瑜從自己叔父丹陽太守周尚處借的幾千兵馬，幫助孫策平定江東，有孫策的勇猛和周瑜的謀略，孫策節節勝利。在建立江東政權時，周瑜是當之無愧的功勳第一。看後來，孫策和周瑜分娶橋公二女，既是兩人情誼的表現，更是孫策對周瑜功績的認可。
當曹操大軍壓境時，江東名臣張昭、張紘等人一致認為，投降才是唯一之道，唯獨周瑜和魯肅主戰。魯肅在後堂告訴孫權，像魯肅他們投降的話以後一樣可以當個太守什麼的，孫權要投降的話可就死路一條。周瑜在朝堂上，告訴群臣，曹操並不可怕，東吳可以勝利。魯肅告訴孫權不能投降，周瑜告訴孫權可以一戰。並且，周瑜在魯肅、劉備等人的協助下，就真的擊退了曹操，保住了江東。
可以說，建立江東，保全江東，周瑜都是第一人。即便是孫權自己，在多年之後稱帝時也感歎：「沒有周公瑾的話，我是不可能稱帝的啦。」孫權說的是一句良心話。
並且，最重要的一點是孫權在即位之初，地位相當不穩。在當時，孫權的職位不過是將軍，其他的文臣武將和孫權之間只是上下級關係，周瑜作為全軍二把手率先對年少的孫權執臣子拜見君主的禮節，從而穩定軍心，使得孫權能夠正常即位。
為了讓周瑜輔佐孫權，不生二心。孫策做了一個安排，孫策交代孫權：「行政方面的事情不瞭解的話問張昭，對外用兵的話有問題問周瑜。」孫策對周瑜很信任，這份信任也加重了周瑜對孫權的忠誠，以報答孫策對自己的知遇之恩。當曹操來臨，江東是戰是降難以決斷的時候，江東的吳太夫人發話了：「周公瑾說的挺好，公瑾和你哥哥伯符(孫策)同歲，只是小一個月，我是一直把他看成自己兒子的，希望你要用兄長的禮節對待他啊。」吳太夫人的話，肯定讓周瑜心裡暖暖的。
並且在孫策死後，赤壁戰前，曹操曾經派蔣干到江東遊說周瑜，希望周瑜能夠加入曹操的陣營。正史中的蔣干是獨步江淮的大名士，並非是演義中的小丑。見到周瑜時，兩人喝酒聊天，周瑜說：「丈夫處世，遇知己之主，外託君臣之義，內結骨肉之恩，言行計從，禍福共之，假使蘇張更生，酈叟復出，猶撫其背而折其辭，豈足下幼生所能移乎?」周瑜表示自己現在遇到了明主，對外是君臣，對內是骨肉之親，並且言聽計從，福禍與共，無論你如何勸說，我都不可能背叛孫權，離開江東。
有自立之力，有自立之才，卻沒有自立之心，周瑜可謂忠心不二。
只是，周瑜對孫權沒有二心，孫權對周瑜卻有點不夠意思。孫權是個聰明人，九歲時就敢獨自到仇敵劉表處索還父親孫堅的屍體，絕對不是一般人。對待周瑜，孫權的感情也很複雜，可以簡單的說，一直是在信任和猜忌之間徘徊，有時候信任多一些，有時候猜忌多一些。