受《三國演義》的影響，今天的許多史學家也大都認為，華佗不僅醫術高明，而且醫德高尚，時刻心繫天下百姓的疾苦，不肯服侍權貴，專門為曹操一個人看病，於是借口妻子病重離開了曹操，曹操屢次催他回來他都不肯，最後曹操一怒之下把他給殺掉。
華佗之死責任果真全在曹操嗎?華佗真的沒有任何過失嗎?南京審計學院教授徐少錦先生和河北省平泉民族師範學校的林振清老師認為，華佗之死責任不全在曹操，兩篇論文的發表，終於解開了華佗被殺的真正原因。
曹操為何要殺掉華佗呢?《三國演義》對此的解釋可謂深入人心。在該書的第七十八回中，羅貫中詳細地描寫了曹操殺華佗的經過。
曹操為造建始殿，親自揮劍砍伐躍龍祠前的梨樹，得罪了梨樹之神，當晚做了個噩夢，驚醒之後便得了頭痛頑症，遍求良醫，均不見效。
後來，華歆向曹操舉薦了華佗，曹操立馬差人星夜將華佗請來為他看病。華佗認為曹操頭痛是因中風引起的，病根在腦袋中，不是服點湯藥就能治好的，需要先飲「麻肺湯」(按：也就是人們所熟知的「麻沸散」，是華佗發明的一種麻醉劑)，然後用利斧砍開腦袋，取出「風涎」，才可能去掉病根。
多疑的曹操以為華佗是要藉機殺他，為關羽報仇，於是命令左右將華佗收監拷問，致使一代神醫屈死在獄中，而華佗所著的《青囊書》也因此失傳。
曹操請華佗為他治療「頭風」頑症，華佗用針扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，後來，隨著政務和軍務的日益繁忙，曹操的「頭風」病加重了，於是，他想讓華佗專門為他治療「頭風」病。華佗說：你的病在短期內很難徹底治好，即使長期治療，也只能苟延歲月。曹操的病果真那麼嚴重了嗎?
在文章中，林振清認為，華佗正是想利用為曹操治病的機會，以醫術為手段，要挾曹操給他官爵。曹操後來說，「華佗能治好這病，他為我治病，想借此抬高自己的身價。這說明曹操當時是明白華佗的言外之意的。但是他並沒有立即滿足華佗的要求。
於是，華佗便以收到家書，想回家小住幾天為借口，請假回家，到家後又托辭妻子有病，一直不回，對曹操進行再度要挾。曹操依照漢律，以「欺騙罪」和「不從徵召罪」判處華佗死刑，華佗服罪伏誅。