關於神醫華佗，歷史上一直都有爭論。到底有沒有華佗這個人?華佗是中國人、印度人、還是波斯人?
其實這類爭論不難理出一個頭緒，中國的神仙大多有過凡人身份，比如鍾馗、張果老、呂洞賓……那些曾經存在於某朝代的神仙「肉身」，其實只不過是個載體，很少有後人去研究「肉身」的情況，大多只會給成為神仙的他們燒香磕頭。同理，神醫華佗已經成為了中醫領域的神，那個曾經存在於東漢末年的「肉身」華佗也就不再重要了。
歷史上大約確實存在過一個叫作「華佗」的人，按照現在的行政區劃，他是安徽省亳州市譙城區人。據說華家原本是當地望族，到華佗出生時家道已經中落，不過依然看得出是有學問的人家，要不名字怎麼起得那麼怪。「佗」，曾有很多人不認識這個字，乃負載之意，表明父親期望他長大後能擔當重任。
中國古代文人非常活躍，這使得我們能夠看到的文字資料遠遠多於其他文明古國。不過文人隨意越界到歷史、醫學領域，常常幫了倒忙。對於華佗的過度炒作，就讓他最後變成了讓人懷疑的人。《後漢書·華佗傳》描述華佗「年且百歲，而猶有壯容，時人以為仙」，更有一些史料記載華佗壽至一百五六十歲仍保持著六十歲的容貌，這些神奇的文字顯然連累了其他有關華佗記載的真實性。
除了超長壽命，華佗出神入化的外科手術也讓人生疑。按照現有常識，東漢末年能進行內臟手術已經讓人匪夷所思，用利斧做開顱更是天方夜譚。古時候沒法化驗血型，也不能輸血，外科手術中病人失血如何補充?用斧頭開顱，且不說力度如何掌握，沒有吸氧設備，沒有心臟起搏設備，手術成功率肯定為零。
「不管你信不信，反正我是信了!」對於華佗神奇的外科手術，很多中醫醫生信了。他們的猜想是華佗曾經靠自學掌握了絕世醫術，其外科手術能力也許跨版本達到了超現代水平。他能用口服麻沸散進行手術前全麻，能用針灸止血，術後能用某種神奇的草藥消炎防感染……至於華佗之後，為什麼中醫外科手術水平大倒退了，那是因為華佗臨死前將集畢生醫功精華的《青囊經》傳給獄卒，而這個窩囊廢不敢接受，於是華佗將《青囊經》付之一炬，中醫便大倒退了。
華佗沒有師傅，完全靠自學成才，那麼之後漫長的一千多年裡，為什麼再沒有出現一位華佗式的中醫外科高手?對此，如今有些中醫的解釋是受到了封建禮教的束縛。在「身體髮膚，受之父母，不敢毀傷」的影響下，開腸破肚，終非孝道。可是假如華佗當年沒有進行許多次人體解剖，他怎麼可能掌握複雜的人體構造、大腦結構?在封建時代，他又是如何得到了那麼多可供解剖的遺體?地方政府沒有干預嗎?沒有來自社會輿論的壓力嗎?
華佗醫術的種種誇張之處，千百年來難免被眾多非中醫從業人員懷疑。陳寅恪先生曾指出，華佗的事跡實際來自印度神醫耆域的故事。聯繫到華佗同時代的「曹沖稱象」也來自印度佛教傳說，陳寅恪這種說法具有一定可能性。
任何沾上「神」的事物，必定文學性多於真實性。歷史上可能確實有過一位叫華佗的名醫，後來有人把他捧為了神醫，並持之以恆添油加醋，於是越來越像非人類了。久而久之，反而讓人懷疑華佗是否原本就是個虛擬人。