三顧茅廬之後，劉備和諸葛亮一見如故，劉備曾說「孤之有孔明，猶魚之有水也」。後人自然認為此君臣二人是「魚水」關係。在《三國演義》中，劉備對諸葛亮更是言聽計從，軍政大事無不請他出謀劃策。但在歷史上，他們未必君臣相得。
直到白帝城托孤前，諸葛亮在蜀國的地位都並非是第一人。在奪取西川的戰爭中，劉備只是讓諸葛亮守住荊州，而以龐統、法正作為主要謀士參謀，輔佐自己西取巴蜀;在奪取漢中的戰爭中，謀士參謀也是法正，諸葛亮卻只是留在後方做點兒後勤工作而已。劉備進位漢中王時，法正的排名也在諸葛亮之前。
在攸關大局的戰役中，劉備也並不是處處注重諸葛亮的謀略。劉備把鎮守荊州的重任交給關羽，最終卻導致了慘敗的局面。如果劉備當時把關羽調入川中，而把諸葛亮和趙雲留在荊州的話，可能就會是另一種結局了。
當關羽失掉荊州後，劉備舉兵伐吳，也沒有把諸葛亮帶在身邊，甚至都沒有理會諸葛亮的意見。蜀軍被火燒連營、一敗塗地之後，諸葛亮感慨地說：「法正若在，肯定能阻止主上不來東征，就算東征，局勢也不會弄得這麼危險。」從這番話中，足以見得劉備對法正才稱得上是言聽計從，諸葛亮還是略遜一籌。
為什麼會出現這樣的情形呢?一些學者認為是由兩個原因造成的：第一個原因是，劉備和諸葛亮在戰略思想上經常會有分歧。諸葛亮始終堅持《隆中對》的基本戰略方針：跨有荊、益兩州，西和諸戎，南撫夷越，東結孫吳，北伐曹操。而其中維護孫劉聯盟才是最關鍵的地方。但劉備佔領漢中兩年後就稱帝了，顯然只想割據西蜀、能稱帝足矣，對諸葛亮「興復漢室，還於舊都」的想法不太重視，以致發生了夷陵之戰—蜀漢戰敗，繼關羽失荊州後又一次實力大損。
第二個原因便是劉備對諸葛亮不是很信任。諸葛亮的親哥哥諸葛瑾在吳國身居要職，並且作為吳國的使臣來討要過荊州。面對這種複雜的社會人際關係，劉備在任用人才時也不會忽視。
千年之後，思想家王夫之對劉備和諸葛亮的關係有過非常深刻的分析：諸葛亮一定要存漢、滅曹，不結交東吳則要受東吳的牽制，難以興北伐之師;而劉備的理想與此不同，劉備開始想自強，後來想自立為王，這種雄心與關羽合拍，所以他信任諸葛亮不如信任關羽，而且不如孫權信任諸葛瑾——劉備懷疑諸葛亮與東吳的情誼太深，甚至懷疑他與諸葛瑾相勾結……
而白帝城托孤時，劉備允諾諸葛亮可以取劉禪而代之，也只是一種無奈之舉。在劉備去世前後，蜀中益州的土著和劉備帶入蜀的荊、襄舊部之間的矛盾已經非常尖銳，而法正、龐統都已去世，劉備能夠依賴的謀臣只有諸葛亮了。而且當時劉備白帝托孤的對象並非只有諸葛亮一人，他還讓益州大族出身的李嚴同受遺詔。
可見，劉備與諸葛亮之間的「魚水」關係只是《三國演義》留給後人的一種表面印象罷了。