中國傳統的政權觀歷來有仁政與暴政之分，其分水嶺是對待民眾的態度，是施惠於民還是肆虐百姓。通常論三國君主，總認為曹操所代表的是暴政，劉備所代表的是仁政，實際上曹操既有暴虐的一面，也有仁厚的一面，不完全是代表暴政。所謂暴政，主要反映在軍閥混戰時期濫殺無辜方面，而他在平定北方之時的有些政令措施，則很有一些仁政的色彩。
曹操濫殺無辜，突出反映為屠殺徐州百姓和官渡之戰時坑殺降卒。
屠殺徐州百姓，起因是曹嵩的被害。建安元年(196年)董卓之亂時，曹嵩去官返鄉，至徐州琅王牙郡(今山東諸城一帶)避難。曹嵩是朝廷大官，徐州牧陶謙特派部將張門豈去護衛。當時曹嵩隨帶有百餘輛車子的財物，張門豈見財起心，殺嵩劫財。這件事責任不在陶謙，但曹操為此結怨陶謙，於建安三年(198年)冬引兵大舉進攻徐州，為父報仇，先後攻拔十餘城，至彭城(今徐州)與陶謙展開決戰，陶謙被打敗，曹操「屠彭城」坑殺男女數萬口，「泗水為之不流」。隨後又繼續進攻，所過之處皆斬殺一空，乃至「雞犬亦盡，墟邑無復行人。」對於這個數據，有網友說是四十萬，當然，這是誇張的說法，但是史學家筆中的數萬口，應該是保守的，這個數字估計接近十萬左右。
官渡之戰時坑殺降卒，發生在建安五年(200年)袁紹兵敗之後。這次戰事所坑殺的降卒前後有七萬多。曹操自己給漢獻帝劉協的奏章裡也承認：「凡斬首七萬餘級。」當時曹軍約有二、三萬，袁紹軍隊有十餘萬，袁軍絕大部分被坑殺。曹操在偷襲袁紹糧車時，就曾將一千多降卒一律割下鼻子，向袁軍示威。如此殘忍地大規模坑殺降卒，在歷史上是少見的。其原因不像屠徐州那樣為報私仇，很可能一是怕降卒造反，二是當時糧食奇缺，袁紹運來的糧草已被曹操統統燒掉。除了屠徐州、坑降卒外，建安十二年(207年)遠征烏丸三郡時，也發生過「屠柳城」(今遼寧凌源縣)的事。
曹操的上述殘暴行為，都是史書確鑿所載。這是千百年來曹操落下罵名的重要原因。它一方面反映了戰爭的殘酷性，另一方面也反映出曹操的殘忍。《三國誌·魏書·曹仁傳》還載，建安十一年(206年)，袁紹外甥高斡在壺關反叛，曹仁隨曹操圍攻壺關，曹操下令說：「城拔，皆坑之。」這是曹操為人殘忍的又一個例子。動不動屠城、坑殺，實際上不可能收到應有效果。當時壺關就連月不下，後來曹仁說：圍城應給對方開條生路，現在公開告示城破必死，必定死守，這不是好辦法。曹操有所悟，聽取曹仁之言，結果城中士兵就投降。