《周書・武帝紀》記載，事情解決後，就在他開始親政的第二年(公元573年，建德二年十二月)，又將群臣、沙門、道士等，召集到一起，再次排列「三教」的順序。這次，經歷了長時間的相互辯論，結果是儒教為先、道教為次，佛教最後。這個結果，使皇帝陛下感到滿意。他明白，該到收場的時候了!但是，為了讓更多的人看到皇帝陛下的大度與公平，他還是謹慎地給了佛、道兩家一次單獨辯論的機會。皇帝陛下耐心地給了辯論雙方5個月的準備時間。據《續高僧傳・智炫傳》記載，建德三年(公元574年)五月，皇帝親自「鳴鑼開市」，於太極殿中，命僧人與道士辯論二教的優劣，結果道士敗下陣來。皇帝對這一結果感到震驚，於是，以裁判員的姿態自升高座，很不客氣地指責佛法「不淨」，主辯的僧人顯然也很激動，馬上指責道法更為「不淨」。
就在這一辯論結束的第二天，皇帝作出了震驚朝野的決定：將佛教與道教一同取締，僧、道還俗，毀滅經、像，儒家禮典範圍以外的一切宗教活動一律禁止。原屬寺院、道觀的所有財產分給臣下，寺院、塔廟充作王公私產。這樣一來，佛道兩家各打五十大板，誰也沒話說。信奉佛、道的王公大臣們，因為分得寺院、道觀的財物和原屬佛、道二教的建築等房地產業，也都各自歡喜，早將信仰之事忘到腦後。還俗的僧人、道士則一律被充作平民。此舉贏得了頗為顯著的社會效應，種地的人多了，納稅、服徭役的人也就多了。據《釋任道林辯周武帝除佛法詔》記載說，周武帝對自己的這一政績頗感驕傲，曾得意地自誇道：「自從廢棄佛教以來，民眾的徭役(指人均投入的徭役)減輕，租調(稅收)年增，軍隊數量增長，士氣日盛，東取齊國、西進妖戎之地，國泰民安，這不是件好事嗎!」
與北魏太武帝不同，周武帝不動刀兵、不殺一人，全國上下迅速展開滅佛運動，成效顯然、成績突出，沒有造成太多的負面影響。為了彰顯皇帝陛下的公正立場，道教在這次運動中顯然充當了犧牲品的角色。從周武帝對這次滅佛運動的謹慎態度看，當時佛教的勢力確實相當巨大，以至於為了禁斷佛教，不得不以犧牲道教為手段。通過觀察，我們發現滅佛、道二教，並不是周武帝的根本目的。在他看來，佛、道並不是他一道行政命令就可以徹底消滅的。他更想得到的，是那些寺院裡的人和屬於寺院的大量土地。3年後(公元577年)，當他滅掉北齊後，這個願望得到了更大的滿足。其境內4萬座佛寺，在他一聲令下後，被通通拆除。而更大的收穫，是300萬僧尼被迫還俗充實到軍、民中。為此，政府戶籍登記部門，著實忙碌了好大一陣子!
但是，周武帝心裡很清楚，在這個亂世裡，僅僅倚重儒家的經世之學，並不足以達到安定目的。所以，就在他下詔禁斷佛、道二教後1個月零12天(公元574年，六月二十九日)，再次下詔，在朝廷中組建了一個新的政府部門，叫做「通道觀」。為此專門設立「學士」，對「三教」進行「會通」。召集佛道二教的名人學士120人，宣講儒、道經典，大做起「會通」三教的工作。這個臨時成立起來的機構，非常類似上世紀下半葉的「五七干校」。其目的很簡單，就是用儒、道思想，改造佛教人士，使他們放棄「舊思想」，接受「再教育」。
只是，這場「文化革命」的壽命實在太短，周武帝還沒來得及將這場「革命」進行到底，就於宣佈「滅佛」的4年後(公元578年)駕崩。宣、靜二帝先後即位，開始在小範圍內恢復佛、道二教。歷史的「輪迴」，又一次重複了昨天的故事。
事實證明，即使以皇帝的權威，調動一切可以調動的力量，想要消滅一種文化或者宗教，即便當時的效果非常顯著，但終究不能長久。北魏太武帝如此，北周武帝同樣如此。兩年後(公元580年)，靜帝駕崩，帝國皇后的娘家親戚楊堅主持朝政，再次將興佛運動推向高潮。1年後，這位國舅乾脆廢周建隋，史稱文帝。這場興佛運動，也因此一直延續到一個新的王朝。
與北朝佛教命運的激烈動盪相比，南朝佛教的發展顯得非常平穩。梁武帝之前的宋、齊兩代，王朝壽命都不長，再加上國力不足，因此佛教的發展並不迅速。隨著梁武帝的即位，佛教在南朝迎來了一次難得的發展機遇。相對於北朝來說，南朝帝國內部政局相對平穩，民族關係簡單。佛教得以生存和發展，還有一個更加重要的原因，那就是它能在這個動盪的亂世裡，給予上至皇帝、王公貴戚，下至官吏、百姓，那些不安的心靈，以慈悲的撫慰。整個南北朝時期，佛教有如此驚人的發展速度，確實與當時特殊的社會背景相關。這促使我們不得不懷著複雜的心情，去回顧那段中國歷史上少有的、令人髮指的黑暗時期。
從漢末三國(公元220年)開始，一直到南北朝結束進入隋朝(公元581年)，這361年的時間裡，中華大地上曾先後或同時存在過35個國家;共發生過萬人以上的戰爭500餘次。廣袤的東亞大陸，成為真正意義上的火藥桶，由戰爭引發大量屠殺的描述，不絕於史書。其中，發生在黃河流域，從東漢中平六年(公元189年)到曹操於建安二十年(公元215年)統一北方，戰亂一直持續了26年。這當中，有兩位大軍閥的名字被載入史冊。
其中一位是董卓，獻帝初平元年(公元190年)二月他為了躲避「山東豪傑」們的威脅，決定將大漢帝國的皇帝(漢獻帝劉協)及都城，從洛陽遷往長安。當他假惺惺地徵求百官們的意見時，受到司徒楊彪等人的堅決反對，他們認為無故移都，恐怕會使百姓受到驚擾而造成動亂，他們強調海內動盪起來很容易，但安定下來卻很難，遷都後都城洛陽的宮室一旦遭到破壞，則無法恢復。但此時的董卓，哪裡還顧得上百姓和都城?他的選擇是不惜成本，實現其「挾天子，令諸侯」的大計。聽到這話，董卓大叫道：「跟百姓小民有什麼可商議的，如果有人膽敢前來鬧事，我將命大兵驅逐!」在這個傢伙的眼裡，百姓們就如同一群可以隨意驅趕的「牲口」。據說，當他滿不在乎地說完這番話後，百官都大驚失色。見到大家的表情，董卓惱羞成怒地拍案而起，宣說了一番他特有的「混蛋邏輯」後，將司徒楊彪等人就地免職。事到如今，百官們噤若寒蟬，只得窩窩囊囊地任由董卓胡來。