諸葛亮作為軍事家在歷代兵家也得到了較高的認可。司馬懿在諸葛亮死後，看到諸葛亮的營壘，稱讚其為「天下奇才」。唐太宗與李靖在《唐太宗李衛公問對》中多次提到諸葛亮的治軍之法與八陣圖，給予了極高的評價，並且表明陳壽在《三國誌》中對諸葛亮的評價是「史官鮮克知兵，不能紀其實跡焉」。唐朝時亦將諸葛亮評選為武廟十哲之一，與張良、韓信、白起等九位歷代兵家享同等地位。諸葛亮亦作諸多軍事著述，如《南征》，《北伐》，《北出》等，對中國軍事界有一定的貢獻。諸葛亮在技術發明上亦有靈巧的表現，如改良連弩。諸葛亮亦推演了兵法，作八陣圖，直至唐代將領李靖仍然十分推崇。
諸葛亮治蜀可謂刑法嚴苛執法嚴謹，把蜀漢治理的道不拾遺夜不閉戶，深受人民愛戴，凡被他嚴懲過的官員無一不心服口服，甚至感恩戴德，試舉三例加以佐證：
一、斬馬謖而恤其家眷
斬馬謖的故事大家耳熟能詳，馬謖算是諸葛亮的得意門生，也恩同父子，失街亭後，馬謖自知罪孽深重難逃法網，所以自縛跪於諸葛亮帳前，蔣琬替其求情說的也很有道理，他說，現在天下未定而殺大將，豈不可惜，馬謖被殺，最得利的是曹魏。但諸葛亮不為所動，毅然將馬謖斬首。諸葛亮雖然斬了馬謖，但對其家小卻撫恤有加，對其子女「視若干生」。
二、廢廖立而使其垂泣
廖立受劉備賞識闢為侍中，劉禪繼位後被任命為長水校尉。開始諸葛亮認為廖立與龐統齊名，向劉備推薦說：「龐統、廖立，楚之良才，當贊興世業者也。」可能正因如此，廖立有些飄飄然了，自認為自己的才能不亞於諸葛亮，而職務卻「游散在李嚴等下，常懷怏怏」，並散佈流言蜚語說，劉備不取漢中而爭奪南三郡，徒勞無益不說還損失大量士卒，結果自己也客死異鄉。關羽怙恃勇名，作軍無法，前後數喪師眾也。向朗、文恭是凡夫俗子，侍中郭演長只是一個隨從，這些人怎能不讓百姓疲弊。其言行大有抨擊時政惑亂軍心之嫌。諸葛亮認為其「坐自貴大，臧否群士，誹謗先帝，疵毀眾臣。如羊之亂群」，廢廖立為普通百姓，發配到偏遠的汶山郡耕種養殖為生。當諸葛亮的死訊傳來之時，廖立卻嚎啕大哭，不久死於汶山郡。
三、貶李嚴而感恩致死
李嚴是劉備的托孤重臣，與諸葛亮併力輔佐劉禪，諸葛亮常駐軍在外，糧食補給全靠李嚴籌措，諸葛亮對李嚴也是深信不疑。諸葛亮軍出祁山，正直夏秋之際，大雨連綿不斷，李嚴耽誤運糧日期，為逃脫罪責，他假傳聖旨招諸葛亮退軍，退軍後，又佯裝驚詫地說，糧草豐足，為何退軍?向劉禪表奏將責任推向諸葛亮，陰謀詭計被識破後，被廢為平民。李嚴雖被廢，但諸葛亮不計前嫌依然提拔李嚴的兒子做督軍、太守。三年後，聞諸葛亮身死五丈原，李嚴竟悲傷地死去。
這些文武大臣都是蜀漢的高級官員，他們本該在仕途的道路上輝煌騰達，卻因一時的錯誤遭到法律的嚴懲，然而，令人想像不到的是，他們不僅不記恨諸葛亮，反而對諸葛亮懷著崇敬的心情，以至於當諸葛亮殉國的噩耗傳來之時，他們無法承受心靈的悲痛，竟然傷心欲裂肝腸寸斷，這種現象說明了什麼?東晉習鑿齒曰：夫水至平而邪者取法，鏡至明而丑者無怒，水鏡之所以能窮物而無怨者，以其無私也。諸葛亮執法嚴明，公正無私是自秦、漢以來所未有過的。