劉備於207年「三顧茅廬」，請出雄才大略的諸葛亮為其效力。據史料記載，此二人一見如故，劉備曾說過：「孤之有孔明，猶魚之有水也。」後人自然認為此君臣二人是「魚水」關係。但事實是不是如此呢?他們之間的關係真的如《三國演義》中講述的魚水關係嗎?古今學者對這一現象產生了很大的疑問，根據各種史料進行了研究，並從中發現了一些蛛絲馬跡。史料顯示，他們之間的關係未必如此。
第一從三顧茅廬後到白帝城托孤前，諸葛亮與劉備之間的關係並非像《三國演義》中寫的那樣親密無間，諸葛亮在蜀國的地位也並非是第一人。因為在奪取西川的戰爭中，劉備只是讓諸葛亮守住荊州，以龐統、法正作為主要謀士參謀，輔佐自己西取巴蜀，後來才調諸葛亮率兵入川。
第二，在奪取漢中的戰爭中，法正為謀士參謀，諸葛亮卻只是留在後方做點兒後勤工作而已，在此戰役中，諸葛亮並沒有起到多大的參謀作用。劉備進位漢中王時，法正的排名也在諸葛亮之前。
第三，眾所周知，劉備對二弟關羽是非常信任的，而且把鎮守荊州的重任交給了他，但是最終卻導致了慘敗的局面。如果劉備當時把關羽調入川中，而把諸葛亮和趙雲留在荊州的話，那可能又會是另一種結局了。
第四，當關羽失掉荊州後，劉備舉兵伐吳，也沒有把諸葛亮帶在身邊，而且劉備並沒有理會諸葛亮的意見。蜀軍被火燒連營、一敗塗地之後，諸葛亮感歎地說道：「法孝直若在，則能制主上，令不東行;就復東行，必不傾危矣。」從話語中足以見得劉備對法正才算稱得上是言聽計從，而諸葛亮則還是略遜一籌。
為什麼會出現這樣的情形呢?一些學者們認為是由兩點原因造成的：第一是因為劉備和諸葛亮在戰略思想上經常會有分歧。諸葛亮始終堅持自己在《隆中對》中的基本戰略方針：跨有荊、益兩州，西和諸戎，南撫夷越，東結孫吳，北伐曹操，這樣才能興復漢室。而且其中維護孫劉的聯盟，才是最關鍵的地方。但劉備是一個急功近利的機會主義者，他缺乏一定的戰略思想，只想割據一方，能夠稱王稱帝足矣，對諸葛亮的聯吳想法不太重視，以致發生了夷陵之戰。第二點便是劉備對諸葛亮不是很信任，諸葛亮的親哥哥諸葛瑾在吳國身居要職，並且作為吳國的使臣來討過荊州。面對這種複雜的「社會人際關係」，劉備在任用人才時，也不會忽視掉的吧?
大思想家王夫之(1619～1692)在其史學名著《讀通鑒論》中對劉備和諸葛亮的關係也有過非常深刻的分析，他寫道，諸葛公之心是一定要存漢的，一定要滅曹的。不交結東吳則要受東吳的牽制難以興起北伐之師。而先主的心志則與此不同了。先主開始時想自強，後來則想自立為王，這種雄心不改，便與關羽合拍了。所以他信任諸葛亮不如信任關羽，而且不如孫權之信任子瑜(諸葛瑾)，懷疑諸葛亮與東吳的交誼太深，而且還懷疑他與子瑜相勾結……
而白帝托孤事件，劉備允諾諸葛亮可以取劉禪而代之，應該說也只能是一種無奈之舉罷了。在劉備去世的前後階段，蜀中益州的土著和劉備所帶入蜀的荊、襄舊部間的矛盾已經非常尖銳，後主劉禪又是平庸之主，很難處理好蜀國大臣之間的各種複雜關係，劉備最為信任的法正、龐統都已死，劉備所能夠依賴的人就只有諸葛亮一人了。而且當時劉備白帝托孤的對象，並非只有諸葛亮一人，他還讓益州大族李嚴同受遺詔。
「三顧茅廬」的故事在中國早已婦孺皆知，劉備與諸葛亮之間的君臣關係更成為了後來君臣效仿的楷模。然而事實並非如此，劉備與諸葛亮之間的魚水關係，只是《三國演義》中留給後人的一種表面印象而已。