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這個問題只能從《三國演義》的角度來說，關羽、張飛是劉備的結拜兄弟，是主公的兄弟，諸葛亮再足智多謀，官職再大，再有理由，也不可能把主公的兄弟給斬了吧!
說關羽違抗軍令，無非就是在華容道放走了曹操，曹操在赤壁之戰中大敗，慌忙逃命，身邊只剩下27騎，在經過華容道時，被關羽率領500校刀手攔住，曹操聽從程昱的建議，用以往恩情打動關羽，關羽素來重信義，不忍心對曹操動手，於是就放走了曹操。
由於關羽立下了軍令狀，軍無戲言，沒有完成任務，按理應當斬首，諸葛亮於是喝令手下武士準備綁了關羽，這時劉備開口說道：我與關雲長、張翼德為結拜兄弟，發誓是要共同生死的，現在關雲長犯了法，不忍心違背誓言，還是讓他帶罪立功吧!
劉備作為主公，都開口替關羽求情了，諸葛亮作為劉備手下的軍師，能說什麼呢?於是諸葛亮就放過了關羽。
而張飛並沒有什麼特別嚴重違抗軍令的事件發生，只是在諸葛亮初次用兵之時，有些不太服從諸葛亮的命令。因此諸葛亮向劉備請求寶劍和印信，作為行使權力的工具，有了這兩樣東西，可斬殺不聽從命令的大將。
因為諸葛亮首次出山時年齡比較小，至少比劉備小20歲，也比關羽、張飛小得多，因此關羽和張飛有些看不起諸葛亮，對於諸葛亮的安排有些冷嘲熱諷，但終究沒有違抗命令，一是因為諸葛亮有印信在手;二是因為劉備早有交待。
火燒博望坡是諸葛亮出山後的首次用兵，曹操令手下大將夏侯惇率領十萬大軍前來攻打新野，在諸葛亮一系列的運籌帷幄中，採用誘敵深入之計加火攻，將夏侯惇大軍引入一地勢險要、樹木叢雜之處，採用火攻，大破夏侯惇軍。
不僅如此，諸葛亮還在之後的新野大戰中，先用水攻，再用火攻，將曹軍引入新野城，再次火燒新野城，諸葛亮經此兩戰後，威望大大提高，關羽和張飛對諸葛亮則尊敬了很多，基本上沒有違抗軍令的事情發生，也就是關羽在華容道放了曹操這一件事而已，況且這事也不算違抗軍令，只是關羽素來重信義，一時不忍心而為之。
而最重要的原因就是因為：關羽和張飛是劉備的結拜兄弟，是發誓共同生死的，關羽和張飛要是能被斬首，那麼劉備是不是也不能活了，但劉備可是主公啊，這是絕對不能發生的事，至少在劉備活著的時候不可能發生，除非劉備死了。
還有一個原因就是：關羽和張飛是當世猛將，劉備手下的人才又少，即使真有違抗軍令，也是捨不得殺。
但是馬謖就不同了，馬謖在街亭戰敗時，劉備早已去世，蜀漢已是諸葛亮當政，諸葛亮治理蜀漢採用的是依法治蜀，這與劉備時代的人治已經不同了，馬謖在出戰街亭之前立下了軍令狀。
結果在街亭之戰中，馬謖違背諸葛亮命令，捨水上山，也不聽從王平的勸諫，完全是一幅驕傲自滿的樣子，最終被司馬懿和張郃打得大敗，由於馬謖的失敗，導致了諸葛亮整個北伐功虧一簣、無功而返。
關羽放過曹操，不過是放過了敵方的主帥，並沒有對蜀軍造成嚴重的損害，但是馬謖失街亭卻對蜀漢整個軍隊造成了嚴重的損害，不僅損兵折將，而且將諸葛亮整個北伐大軍置於危險之中，差一點連諸葛亮本人都送了命，要不是諸葛亮想了個空城計，連諸葛亮也會被司馬懿殺害。
馬謖的失街亭產生了非常嚴重的軍事後果，讓整個北伐失敗，這麼嚴重的後果 如果不殺，將會產生很嚴重的不良影響，後面再有蜀軍將領犯錯，如何服眾?
況且當時的馬謖也不是什麼非常重要的人才，殺一個也無所謂，既能整肅軍紀，又能嚴明紀律，諸葛亮只能以馬謖的生命來整肅軍紀和嚴明紀律。